رتروترنسپوزون ها فراوان ترین و رایج ترین عناصر قابل جابجایی در ژنوم یوکاریوت ها به ویژه گیاهان هستند. توزیع گسترده رتروترنسپوزون ها در ژنوم گیاهان استفاده از آن ها را به عنوان نشانگر مولکولی ایده آل ساخته است. در این تحقیق از چند شکلی تکثیر شده نواحی بین رتروترنسپوزون-ها(irap) و چند شکلی تکثیر شده رتروترنسپوزون ها و ریزماهواره ها(remap) برای بررسی سطوح تنوع ژنتیکی و فعالیت رتروترنسپوزون هایltr در 23 رقم زردآلو استفاده شد. در این مطالعه از 16 ترکیب پرایمری مورد بررسی، 9 ترکیب آغازگر بر اساس میزان تشکیل باند، چند شکلی و نیز تکرار-پذیری باند ها انتخاب شد. 9 آغازگر مذکور، مجموعا 168 باند تولید کردندکه همگی چند شکلی قابل قبولی ایجاد کردند. تعداد قطعات تکثیر شده با آغازگر های مختلف، متفاوت بود. بیشترین تعداد قطعه تکثیر شده 26 عدد مربوط به remap(ltr6+p9) و کمترین آن 11 و مربوط به پرایمر ltr10 بود. بیشترین مقدار ضریب شانون و هتروزیگوسیتی مشاهده شده مربوط به آغازگر ltr23 از سری آغازگر-های irap بود که مبین این است که نشانگر irap نسبت به remap تنوع بین ارقام مورد مطالعه را بهتر نشان داده است.