مسئله تاخوردگی پروتئین فرآیند پیش بینی ساختار سه بعدی پایدار پروتئین با استفاده از دنباله ی اسیدآمینه های آن است؛ بطوریکه ساختار پیش بینی شده در میان تمام ساختارهای سه بعدی ممکن دارای کمترین سطح انرژی آزاد باشد. به منظور کاهش پیچیدگی محاسباتی مدل های زیادی جهت ساده سازی مسئله پیشنهاد شده است که مدل hp یکی از قدرتمندترین این مدل ها می باشد. حتی در این مدل نیز ثابت شده است که مسئله ی تاخوردگی پروتئینnp-تمام است. پژوهش حاضر در زمینه ی مطالعه ی مسئله ی تاخوردگی پروتئین روی مدل hp در دو بعد می باشد و شامل افزایش کارایی الگوریتم جستجوی ممنوعه از طریق تغییر محتوای لیست ممنوعه و تنوع بخشی روی لیست کاندید، همچنین ارائه ی یک تابع انرژی بهبود یافته، می باشد.