در این تحقیق، شناسایی و رده بندی گونه های خانواده اسبچه ماهیان در سواحل استان هرمزگان با استفاده از نشانگرهای ریختی و مولکولی (توالی بخشی ژن co1) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آزمون های آنالیز واریانس یک طرفه (anova)، آنالیز تابع تشخیصی (da) و تحلیل به مولفه های اصلی (pca) برای تحلیل صفات ریختی بیانگر کارایی بهتر صفات اندازشی در مقایسه با صفات شمارشی در تمایز گونه های مورد بررسی بود. نمودار رسته بندی و خوشه بندی، تفکیک گونه ها را بر اساس صفات اندازشی به خوبی نشان داد. نتایج مولکولی نیز نشان داد که ژن انتخابی co1، جهت شناسایی و بررسی روابط تبارشناسی خانواده اسبچه ماهیان مناسب بوده و قادر به تفکیک گونه ها می باشد هرچند تمایز مشاهده شده در گونه های a. fasciata و l. equulus کمتر از سطح دو گونه متعلق به دو جنس مختلف بود. میانگین فاصله ژنتیکی بین گونه ای بر حسب جفت باز، 3/14 درصد به دست آمد. با توجه به درخت تبارشناسی، گونه n. gerreoides در کنار equulitessp. و گونه a. fasciata در کنار گونه l. equulus موقعیت خواهر گروهی قرار گرفتند. فواصل ژنتیکی مشاهده شده با نتایج ریختی همسو بودند.