گیاه خاکشیر تلخ، گیاهی با خواص دارویی مهم است. امروزه رشد بی رویه جمعیت، برداشت گیاهان دارویی از مراتع و عدم تعادل بین عرضه و تقاضا، باعث کاهش اکثر ژرم پلاسم های بومی و با ارزش کشور شده است، بنابراین مدیریت تنوع ژنتیکی و گیاهان بومی از برنامه های حفاظتی ضروری و مهم می باشد. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 37 توده از خاکشیر تلخ با نشانگر مولکولی inter simple sequence repeat (issr) مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع183 مکان کروموزومی مورد بررسی قرار گرفت و مجموع 1537 باند ایجاد شده امتیاز دهی شدند. 11 آغازگر issr مورد استفاده، 100درصد چند شکلی را نشان دادند. میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی(pic)، 5/31 به دست آمد. کمترین مقدار pic برای آغازگر (ag)8t برابر با مقدار5/24 درصد و بیشترین مقدار هم برای آغازگر gggc(ga)8 با مقدار 5/38 بود. حداکثر شاخص نشانگری در آغازگر (ag)8yt برابر با مقدار 93/6بود، برای همین به عنوان آغازگر برتر برای مطالعات بعدی روی انواع خاکشیر معرفی می شود. نتایج مارکری نشان داد که تنوع زیادی در بین اکوتیپ های موجود وجود دارد و زمینه ژنتیکی خوبی برای انتخاب و اصلاح برترین ها وجود دارد. الگوی کلی از توزیع تنوع مولکولی برای نشانگرها نشان داد که 17 درصد تنوع مربوط به بین گونه ها و 83 درصد تنوع مربوط به درون گونه ها می باشد. این نتایج نشان دهنده این است که اختلاف درون نمونه های هر یک از توده های مورد مطالعه زیاد بوده و امکان معرفی آنها به صورت گروه های مجزا وجود ندارد. دو توده f8 و f9 هم بعد از نقطه برش دارای شباهت 46 درصدی بوده و در یک گروه مشترک قرار گرفته اند. دو توده h16 و h45 هم نسبت به هم دارای ضریب تشابه یک هستند، برای همین در یک گروه مشترک قرار گرفته اند، احتمال این وجود دارد که این دو توده با هم خویشاوند باشد. با مقایسه نتایج واریانس مولکولی بیشترین تمایز بین گروه ها در نقطه برش با 22 گروه در سطح شباهت 45 درصد به دست آمد. هر چند توده های هر منطقه دارای شباهت قابل ملاحظه ای هستند، اما در 37 توده مورد بررسی تفکیک واضحی بر اساس ناحیه جغرافیایی آنها صورت نگرفته است. نمونه های استان اردبیل در نقطه برش به طور کلی در دو گروه متفاوت قرار گرفته اند، توده h9 هم به طور کلی در گروهی جداگانه قرار داشته و در کنار دیگر توده ها قرار ندارد. دو توده gi3 و gi1 هم در دو گروه متمایز از هم قرار دارند، هر چند که این دو قبل از نقطه برش در یک گروه قرار داشته و دارای شباهت 21 درصدی نسبت به هم هستند. دو توده h28 و h11 هم در حالی که قبل از نقطه برش دارای شباهت 26 درصدی نسبت به هم هستند، ولی باز هم در دو گروه جداگانه قرار گرفته اند. توده y19 هم با اینکه از نظر مکانی نزدیک به دو توده y16 و y18 قرار دارد، ولی باز هم نسبت به آنها در دو گروه مجزا قرار گرفته است. هر چند که بعد از نقطه برش این سه توده نسبت به هم دارای شباهت 60 درصدی هستند. همچنین دو توده h20 و h14 در دو گروه مجزا قرار گرفته اند، هرچند که قبل از نقطه برش این دو توده در یک زیر گروه بوده و دارای شباهت 44 درصدی نسبت به هم هستند. به طور کلی می توان گفت که تنوع ژنتیکی درون گروه ها و گروه بندی کردن نمونه ها در نقطه برش، با فاصله جغرافیایی که بین استان های مورد مطالعه وجود دارد، هم خوانی دقیقی ندارد. از جمله دلایل این پدیده می تواند انتقال ژرم پلاسم ها بین این مکان ها و یا اختلاط بذور یا جریان ژنی بین جمعیت ها در هنگام برداشت برای مصارف خوراکی و دارویی توسط انسان باشد. علت عمده تر این عدم تفکیک و یا شباهت ژنتیکی به خاستگاه مشترک نمونه ها می توان اشاره کرد. به طوری که محل اصلی رشد خاکشیر درایران در استان های مناطق شمالی، رشته جبال زاگرس و البرز می باشد.