مناطق حفاظت شده اراضی نسبتا وسیع و با ارزش حفاظتی بالا هستند که با هدف حفظ و احیای رویشگاه های گیاهی و زیستگاه های جانوری انتخاب می شوند و طی فرایند زون بندی، محدوده مناطق حفاظت شده متناسب با توان اکولوژیکی و اقتصادی ـ اجتماعی، برای کاربری های مجاز پهنه بندی شده و واحدهای برنامه ریزی (زون ها) شکل می گیرند. مطالعه حاضر با شناسایی منابع اکولوژیکی به عنوان نخستین مرحله در فرایند ارزیابی منجر به تهیه نقشه های منابع پایه در مقیاس 1:25000 شد. فرایند نقشه سازی با استفاده از داده های منابع اکولوژیکی پایدار و ناپایدار مبتنی بر روش تجزیه و تحلیل سیستمی در محیط نرم افزار arc gis 9.3 صورت گرفت. هچنین با تهیه مدل اکولوژیکی ویژه زون بندی، زون حفاظتی این منطقه با arc gis شناسایی شد و پس از تهیه فایل های چهار گانه مورد نیاز برای نرم افزار marxan و همچنین تهیه نقشه یگان های زیست محیطی، این فایل ها در نرم افزار وارد شده و زون حفاظتی مشخص گردید. بر اساس یافته های تحقیق، زون حفاظتی حاصل از نرم افزار arc gis ، 43.2 درصد منطقه و زون حفاظتی حاصل از نرم افزار marxan، 56.7 درصد منطقه را به خود اختصاص داده اند. بر این اساس می توان نتیجه گرفت که نرم افزار marxan محدوده ی بیشتری را نسبت به نرم افزار arc gis به زون حفاظتی اختصاص می دهد. همچنین با توجه به شکل ظاهری زون های حفاظتی، نرم افزار marxan باعث فشردگی زون حفاظتی می گردد و نسبت محیط به مساحت در آن کمتر از نسبت محیط به مساحت در نرم افزار arc gis می باشد. این نسبت کم، باعث کاهش اثرات حاشیه و تسهیل عمل حفاظت در انجام فعالیت های حفاظتی می شود. وسعت بالای زون حفاظتی (حدود 50 درصد منطقه) می تواند بقای زیستگاههای حیات وحش مهم و رویشگاههای با ارزش منطقه را تضمین کند