هدف پژوهش حاضر بررسی و مقایسه تأثیر آموزش به وسیله نقشه های مفهومی و سنتی بر یادگیری دانش آموزان در مبحث ساختار اتم شیمی سال دوم دبیرستان است که با استفاده از تئوری فضای دانش به تجزیه و تحلیل آن پرداخته ایم. جامعه آماری این پژوهش شامل کلیه دانش آموزان پسر سال دوم دبیرستان شهرستان چابهار در سال تحصیلی 91-1390 است که تعدادشان 180 نفر می-باشد. در این پژوهش از نمونه در دسترس استفاده شده و دو کلاس دوم دبیرستان از مدارس امام علی(ع) و صاحب الزمان (عج) برای روش تدریس استفاده از نقشه های مفهومی و معمول انتخاب شده است. تعداد دانش آموزان گروه آزمایش 50 نفر و گروه کنترل 52 نفر بوده و این پژوهش به روش شبه تجربی اجرا گردیده است. برای گردآوری داده ها از آزمون یادگیری استفاده گردید که توسط محقق ساخته شده بود و بصورت پیش آزمون و پس آزمون به عمل آمد. روایی آن توسط چهار نفر از اساتید علوم تربیتی و یازده نفر از اساتید و معلمان شیمی مورد تأیید قرار گرفت. برای پایایی آزمون از آلفای کرونباخ استفاده شد که مقدار آن 759/0 بدست آمده است. مهم ترین نکته در این تحقیق این است که برای تجزیه و تحلیل داده ها از تئوری فضای دانش استفاده شده است. علاوه بر این از آمار توصیفی و برای مقایسه میانگین گروه ها از آزمون t استفاده گردید. پس آزمون نشان می دهد ساختارهای دانش گروه آموزش دیده به روش نقشه های مفهومی منسجم تر بوده و مسیر بحرانی آموزش آن متفاوت از مسیر گروه سنتی است. واژه های کلیدی: نقشه های مفهومی، آموزش مفاهیم ساختار اتم، تئوری فضای دانش، یادگیری معنادار