عملکرد ضعیف شبکه های آبیاری باعث پایین آمدن راندمان های انتقال و توزیع و در نتیجه هدر رفتن آب و مصرف بیش از حد آب در بخش کشاورزی می گردد. سازه های کنترل و تنظیم سطح آب در مسیر کانال های آبیاری و زهکشی، می توانند تأثیر بسزایی در بالا بردن راندمان و کاهش مصرف آب داشته باشند. از این رو در این تحقیق برای تحلیل عملکرد کانال اصلی(درجه 1) شیب آب دشت سیستان که طبق نظرات بهره برداران و تحقیقات بعمل آمده از سازمان آب منطقه ای سیستان و بر اساس بازدیدهای میدانی، مشکلاتی به لحاظ عملکرد، بهره برداری و مدیریت دارد، با کمک مدل های هیدرولیکی canalman و hec-ras جهت حل معادلات دیفرانسیل یک بعدی جریان در کانال ها با استفاده از روش های عددی، مدیریت بهره برداری و عملکرد سازه های موجود در مسیر جریان و آبگیر های کانال مورد ارزیابی قرارگرفته، منحنی های عمق و دبی در حالت جریان غیرماندگار برای کانال بررسی و در دو مدل مورد مقایسه قرار گرفته، سپس با استفاده از دو شاخص کفایت و راندمان تحویل مولدن و گیتس، عملکرد بهره برداری مورد ارزیابی قرار گرفته، تابع هدف برای هر مدل و هر سناریو تعیین شده و پیشنهاداتی جهت مدیریت و بهره برداری مناسب ارائه می گردد. برای بررسی وضعیت هیدرولیکی و هندسی کانال، از داده های موجود در مطالعات قبلی منطقه استفاده شده و نیز بازدیدهایی قبل و بعد از شروع آبیاری و در حین بهره برداری جهت مشاهده نحوه بهره برداری از کانال ها و سازه های موجود در آن ها انجام گرفت. نتایج شبیه سازی سناریو های مختلف و بررسی عوامل مؤثر بر جریان، نشان از خطای کمتر و بهبود میزان 02/0 تابع هدف و 03/0 راندمان تحویل دبی در مدل canalman نسبت به مدل hec-ras بوده و گویای این مطلب است که بدون مدیریت بر روی سازه های آبگیری و کنترل، تخصیص مناسب دبی به کانال های درجه 2 و نهر های سنتی انشعابی از کانال اصلی و همچنین آبگیرهای منشعب از کانال های درجه 2، میسر نمی باشد. از طرفی نتایج این مطالعه و تحقیقات قبلی، حاکی از مناسب بودن هر دو مدل هیدرولیکی canalman و hec-ras جهت اعمال مدیریت صحیح بهره برداری در شبکه های آبیاری و زهکشی و همچنین برتری نسبی مدل canalman در شبیه سازی جریان غیرماندگار کانال و در مقابل کاربر دوست تر بودن مدل hec-ras می باشد.