خداوند و تصوری که در حکمت متعالیه از او وجود دارد، مهم¬ترین نقش را در انسان¬شناسی ملاصدرا ایفا می کند. از نظر ملاصدرا تمامی کائنات جلوه¬های مختلف خداوند هستند و انسان، کامل¬ترین جلو? اوست که در آیات قرآنی به خلیف? الهی و امانت¬دار خداوند توصیف شده است. خداوند در حکمت متعالیه نه به عنوان خدایی که در رأس آفرینش قرار دارد و با واسطه با انسان مرتبط است؛ بلکه خدایی است که بنا بر آیه « نَحْنُ‏ أَقْرَبُ‏ إِلَیْهِ مِنْ حَبْلِ الْوَرید (ق / 16)» از آدمی به خودش نزدیک¬تر است. مبانی اصلی ملاصدرا در انسان¬شناسی، اصالت وجود، وحدت تشکیکی وجود (و در نظر نهایی وی وحدت شخصی وجود)، ربط محض بودن معلول نسبت به علّت و حرکت جوهری است. در بستر حرکت جوهری نفس انسانی مراتبی از ماده، مثال و عقل را دارا گشته و به مقام فوق عقل دست می¬یابد. داشتن مراتب گوناگون، خدشه¬ای بر وحدت نفس وارد نمی¬سازد همانطور که خداوند هم دارای جلوه¬هایی از عقل، مثال و ماده بوده؛ ولی این منافی با وحدت او نیست. وحدت خداوند، وحدت حقّه است و انسان نیز وحدتی ظل وحدت حقّ? خداوند دارد. تناظر خداوند و انسان به این مسئله ختم نمی¬شود: در نگرش صدرایی همانطور که خداوند خالق و مبدع هستی است، انسان نیز به عنوان خلیفه و جانشین وی دارای این ویژگی است؛ یعنی با قو? تخیل خود وجودات ذهنی را در سرزمین خیال خود می¬آفریند، تفاوت تنها در این است که ابداع خداوند در قلمرو خارج است و ابداع تخیل در قلمرو ذهن.