به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی و موفولوژیکی رازیانه و انتخاب بهترین ژنوتیپ، 10 رقم رازیانه جمع آوری شده از نواحی متفاوت ایران در آزمایشی با طرح بلوک کاملا تصادفی با سه تکرار طی سال 1391 در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه زابل واقع در سد سیستان مورد مطالعه و مقایسه قرار گرفتند. ارقام مورد بررسی شامل رازیانه مشهد، اصفهان، همدان، شیراز، کرمان، یزد، اراک، نهاوند، نهبندان و ملایر بود. صفات مورد بررسی شامل عملکرد اقتصادی، شاخص برداشت، عملکردخشک بوته، کلروفیل، طول برگ، تعداد چتر در بوته، تعداد بذر در چتر ، طول ساقه، قطر ساقه، درصد خاکستر، درصد اسانس، فسفر، پتاسیم، سدیم، وزن صد دانه، کربوهیدرات و پرولین بودند. همچنین جهت بررسی تنوع ژنتیکی نمونه¬ها از دو نشانگر isj و issr استفاده شد. ابتدا تجزیه¬های آماری برای بررسی¬های فنوتیپی شامل تجزیه واریانس، مقایسه میانگین و محاسبه همبستگی¬های فنوتیپی بین صفات به وسیله نرم افزار انجام شد و جهت آنالیز داده های ژنتیکی از نرم افزار genalex استفاده گردید. طبق نتایج تجزیه واریانس اثر ژنوتیپ بر تمامی صفات مرود اندازه گیری بسیار معنی¬دار بود. در بین ارقام مورد بررسی رقم شیراز بیشترین میزان تعداد چتر، تعداد بذر در چتر، وزن صد دانه، عملکرد اقتصادی، شاخص برداشت، درصد خاکستر، درصد اسانس و میزان پرولین را نشان داد. نتایج ملکولی نیز بیانگر برتری نشانگر issr به نشانگر isj جهت تشخیص تنوع ژنتیکی بودند همچنین در بین 24 پرایمر مورد استفاده پرایمر 8 مارکر issr و پرایمر 6 مارکر isj نسبت به دیگر پرایمرها جهت تشخیص تنوع ژنتیکی رازیانه برتری نشان دادند