جنسalternaria در سال 1816 توسط nees و با گونه تیپ a. tenuis معرفی و توصیف گردید. گونه¬های آلترناریا و جنس¬های مشابه آنnimbya ، ulocladium، stemphylium و embellisia بیشتر به صورت غیر جنسی دیده می شوند و فرم جنسی آنها کمتر تشکیل می شود. به همین دلیل، تاکسونومی و شناسایی این قارچها بر پایه فرم غیر جنسی آنها پایه ریزی شده است. گونه¬های alternaria و جنس¬های مشابه عمدتا ساپروفیت هستند، با این وجود برخی از گونه¬ها قابلیت بیماری¬زایی کسب کرده و سبب ایجاد بیماری در طیف وسیعی از میزبان¬ها می¬شوند. گونه¬های بیماری¬زای گیاهی این جنس¬ها، سبب بیماری¬های مهمی مثل شانکر ساقه، سوختگی برگ و لکه برگی روی تعداد زیادی از گیاهان مهم زراعی و باغی می¬شوند. در این تحقیق به منظور شناسایی گونه¬های alternaria و جنس¬های مشابه در طی بهار، تابستان و پاییز 1391 و 1392 از مناطق مختلف استان همدان نمونه برداری به عمل آمد. در مجموع 110 جدایه قارچی براساس ویژگی¬های ریخت شناسی، کلید¬های شناسایی و مقالات معتبر منتشر شده در این زمینه مورد شناسایی قرار گرفتند که متعلق به چهار جنس و 19 گونه بودند. از این میان گونه¬های a. rosae،u. multiforme و u. cantlous برای فلور قارچی ایران جدید بودند. برای بررسی صحت شناسایی¬های مورفولوژیکی انجام شده و بررسی روابط فیلوژنتیکی این گروه از قارچ¬ها ژن کد کننده پروتئین گلیسرآلدئیدتری فسفات دهیدروژناز (gpd) تکثیر و توالی یابی شد. درخت فیلوژنتیکی با استفاده از توالی¬های (gpd) جدایه¬های به دست آمده در این تحقیق و جدایه¬های دریافت شده از بانک ژن رسم گردید. براساس تجزیه و تحلیل¬های فیلوژنتیکی این قارچ¬ها در نه گروه alternata، radicina، porri، brassicicola، infectoria، ulocladium 1، ulocladium 2، embellisia 1 و embellisia 2 قرار گرفتند. اغلب گونه¬های ulocladium همراه باa. cheiranthi و e. indefessa در گروه ulocladium 1 قرار گرفتند. از طرف دیگرu. alternaria و u. odeumansii در گروهulocladium 2 قرار گرفتند، گونه¬هایembellisia به جز e. indefessa و e. conoidea در دو گروه مجزا و در نهایت گونه¬هایalternaria در پنج گروه مجزا قرار گرفتند که برخی از گروه¬ها از لحاظ فیلوژنتیکی بیشتر به گروه-هایembellisia وulocladium نزدیک هستند. گونه¬هایstemphylium vesicarium وpleospora trada به عنوان outgroup انتخاب شدند. نتایج بررسی¬های مولکولی در این تحقیق تفکیک این قارچها از یکدیگر در سه جنس جداگانه را تایید نکرد. از آنجا که سیب زمینی یکی از محصولات مهم استان همدان بوده و در میان جدایه¬های به دست آمده در این تحقیق alternaria alternata بیشترین فراوانی را روی این محصول داشت به منظور بررسی تنوع ژنتیکی این جدایه¬ها از نشانگر issr استفاده شد. نتایج بررسی¬های مولکولی نشان داد که جدایه¬های a. alternata جمع آوری شده از نه منطقه استان همدان دارای تنوع ژنتیکی درون گونه¬ای بوده و در دو گروه اصلی قرار گرفتند.