گونه¬های جنس سیاه¬ماهی (capoeta) در اکثر حوضه¬های آب¬های داخلی به¬خصوص در قنات¬های مرکزی ایران پراکنش یافته¬اند. مطالعاتی که تاکنون بر اساس صفات ریخت¬شناسی صورت گرفته، گونه¬های این جنس را به¬عنوان گونه¬های مشخص معرفی کرده¬اند. اگر چه در زمینه روابط تکاملی و منشأ ژنتیکی آن¬ها اطلاعات اندکی در دسترس است. امروزه تهیه توالی¬های بارکد برای شناسایی گونه¬ها و همچنین کشف گونه¬های جدید در حال گسترش است. به-منظور تهیه بارکد ژنتیکی کپورماهیان در مهرماه 1392 نمونه¬برداری در 8 قنات در محدوده اردستان و نائین (استان اصفهان) انجام شد. پس از بیهوش کردن ماهیان در عصاره گل¬میخک، باله سینه¬ای سمت راست بدن قطع و در الکل اتانول 96 درصد تثبیت شد و برای انجام مطالعات مولکولی به آزمایشگاه انتقال یافت. پس از استخراج dna و تهیه توالی با استفاده از ژن coi نمونه¬ها برای توالی¬یابی به خرج از کشور ارسال شد. پس از دریافت توالی¬ها بوسیله نرم-افزارهای رایج از جمله bioedit v7.2.5 و mega6 توالی¬ها ویرایش و روابط خویشاوندی نمونه¬ها مورد مطالعه قرار گرفت. گونه¬های پراکنش یافته در این مناطق c. aculeata بود که به¬منظور مقایسه گونه¬های قنات، با گونه¬های نواحی دیگر، توالی 2 نمونه از گونه¬های c. aculeata در قناتی واقع در حوضه نمک (استان تهران) و 4 نمونه از رودخانه¬های ماربر، چنارخشکه، آب¬ونک و دوپلان (حوزه کارون و دز) هم برای مقایسه مورد بررسی قرار گرفت. جمعا 15 قطعه از گونه c. aculeata، 9 قطعه از قنوات نائین و اردستان در استان اصفهان (از یکی از قنات¬ها دو نمونه)، 2 قطعه از قنوات حوضه نمک و 4 قطعه از رودخانه¬های حوضه کارون به¬منظور تهیه توالی بارکد مورد استفاده قرار گرفتند. در مجموع 5 هاپلوتیپ به دست آمد که میزان تمایز توالی بارکد در سطح درون گونه¬ای جمعیت¬های نواحی ذکرشده بر پایه ضریب تمایز k2p برابر 2/0 تا 7/0 درصد بود. نتایج نشان داد که گونه c. aculeata گروه تک شجره¬ای بوده و در مقایسه با دیگر گونه¬های مورد بررسی به گونه luciobarbus albanicus نزدیک¬تر بود. ماهیان قنات های جهان آباد، کدنوئیه هنفش و محمدیه در محدوده نائین هاپلوتایپ متفاوتی را در مقایسه با ماهیان صید شده از منطقه اردستان دارند و ماهیان منطقه اردستان از نظر ژنتیکی در توالی های مورد بررسی با ماهیان قنوات استان تهران تفاوتی نداشتند. بر پایه این نتایج می¬توان ماهیان قنوات نائین را به علت تفاوت های هاپلوتایپی از ذخایر ژنتیکی متفاوت گونه مورد مطالعه دانست که باید نسبت به حفاظت از آن¬ها دقت شود. علاوه بر موارد یادشده در بین هاپلوتایپ های حوضه نمک و حوضه کارون علی رغم جدایی جغرافیایی، فاصله ژنتیکی قابل توجهی وجود نداشت که این امر می تواند نشان¬دهنده رابطه حوضه¬های یاد شده در گذشته باشد. انشقاق این گونه از c. capoeta در حدود 42/4 تا 1/5 میلیون سال قبل، همچنین انشقاق آن از c. barroisi به 6/12 تا 2/14 میلیون سال قبل بر می¬گردد. زمان انشقاق این گونه با سایر گونه¬های جنس سیاه¬ماهی زمانی ما بین 4 تا 14 میلیون سال پیش است.