چوب مرغوب و میوه عالی گردو هر دو از لحاظ اقتصادی دارای ارزش بالایی هستند. به همین دلیل این گونه درختی از گذشته تا امروز به شدت مورد بهرهبرداری قرار گرفته تا جایی که در قانون حفاظت از جنگلها و مراتع تحت عنوان گونه حفاظت شده معرفی شده است. عملکرد گونههای گردو، به ویژه j. regia در سال مرطوب افزایش و در سال خشک کاهش مییابد. تنش خشکی به عنوان مهمترین تنش غیر زیستی نقش مهمی در کاهش تولیدات گیاهی در جهان دارد. از این رو توجه به شاخصهای فیزیولوژیکی و مورفولوژیکی جهت اصلاح مقاومت به خشکی از اهمیت ویژهای برخوردار است. در این تحقیق به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی نهالهای گردو و شناسایی نشانگرهای مرتبط با صفات فیزیولوژیکی و مورفولوژیکی در شرایط نرمال و بعد از تنش در گردوی ایرانی از نشانگرهای ssr استفاده شد. ده مکان ssr در مجموع 53 آلل تولید کرد. همه مکانهای ssr در جمعیت مورد مطالعه انحراف معنیداری (p?0.01) از تعادل هاردی-واینبرگ نشان دادند. دندروگرام حاصل از روش neighbour-joining، 62 نهال گردو را در 4 گروه عمده قرار داد. بررسی ساختار جمعیت با نرمافزار structure 2.3.1، دو زیر جمعیت احتمالی (2k=) را شناسایی نمود. به منظور شناسایی نشانگرهای مرتبط با برخی صفات فیزیولوژیکی و مورفولوژیکی تجزیه ارتباط (association mapping) به روش mlm (mixed liner model) انجام گرفت. نتایج تجزیه ارتباط نشان داد که در شرایط نرمال مکانهای wga9 و wga69 با صفات رسانایی روزنه، تعرق و فتوسنتز و تعداد برگ سبز سالم مرتبط میباشند. بعد از اعمال تنش ارتباط معنیداری بین مکان wga1 و صفات غلظت co2 اتاقک زیر روزنه وجود داشت. مکان wga1 در شرایط تنش با r2=0.75 بیشترین تغییرات مربوط به صفت غلظت co2 اتاقک زیر روزنه را توجیه مینمود. نتایج حاصل از تجزیه ارتباط نشان داد که مکان ژنی wga1 مرتبط با غلظت co2 اتاقک زیر روزنه در شرایط تنش میتواند به عنوان یک توالی ژنومی خاص جهت انتخاب و تولید واریتههای مقاوم به خشکی انتخاب شود.