هدف این مطالعه بررسی تنوع هاپلوتایپی qtlهای مرتبط با عملکرد دانه در گندم نان در کروموزوم-های 4b و 7d بود. به این منظور 52 ژنوتیپ که بیشتر بومی مناطق مختلف ایران بودند در قالب طرح آگمنت، به همراه سه رقم اصلاح شده به عنوان شاهد در مزرعه تحقیقاتی کشت گردید. صفات مورد ارزیابی شامل تعداد روز تا گلدهی، طول پدانکل، ارتفاع بوته، طول برگ پرچم، طول سنبله، طول ریشک، تعداد دانه در سنبله، طول ده دانه، عرض ده دانه و وزن هزار دانه بودند. نتایج آمار توصیفی بیشترین تنوع را برای صفات طول ریشک، تعداد دانه در سنبله و وزن هزار دانه نشان داد. همچنین بیشترین همبستگی ساده مثبت معنی¬دار بین عرض دانه و وزن هزار دانه و بیشترین همبستگی ساده منفی معنی¬دار بین عرض دانه و تعداد روز تا گلدهی مشاهده شد. تجزیه به مولفه¬های اصلی، صفات را به چهار مولفه اصلی تبدیل کرد که حدود 71 درصد از واریانس کل را توجیه نمود. در تجزیه به عامل¬ها سه عامل پنهان شناسایی شد که 86 درصد از واریانس کل را توجیه کرد. نتایج گروه¬بندی بر اساس ده صفت کمی، ژنوتیپ¬ها را به پنج گروه اصلی تقسیم کرد که بیشتر ارقام اصلاح شده در یک گروه قرار گرفتند. از چهار نشانگر issr برای گروه¬بندی ژنوتیپ¬ها استفاده شد که این ژنوتیپ¬ها را به چهار گروه تقسیم کرد. در مجموع از ده صفت مورد بررسی و هفت نشانگر بکار گرفته شده در پژوهش حاضر، برای چهار صفت ارتباط آماری مشاهده شد و برای سه صفت الل اختصاصی معرفی گردید. مطالعه حاضر برای سه صفت طول سنبله کوتاهتر، تعداد دانه در سنبله بیشتر و طول برگ پرچم بالاتر به ترتیب سه الل اختصاصی 179 جفت باز در نشانگر xgwm1084 ، الل 182 جفت باز در نشانگر xgwm44 و الل 256 جفت باز xgwm295 معرفی نمود. نتایج این مطالعه توانست نشانگر¬هایی پیوسته با صفات مرتبط با عملکرد را برای برنامه¬های اصلاح گندم نان معرفی نماید.