در این پژوهش، ویژگی¬های ریخت¬شناسی برای شناسایی قارچ¬های بی¬هوازی موجود در شکمبه گاو سیستانی در اقلیم خشک مورد بررسی قرار گرفته است. محیط کشت مورد استفاده جهت کشت، جداسازی و خالص¬سازی قارچ¬های بی¬هوازی، نیمه تعریف شده وکاملا بی¬هوازی بود. نمونه برداری از محتویات جامد و مایع شکمبه گاو نر بالغ سیستانی انجام شد و از این نمونه به عنوان منبع قارچ جهت تلقیح به محیط کشت استفاده گردید تا قارچ¬ها در این محیط رشد کرده و مراحل جداسازی و خالص¬سازی انجام شود. از روش جدیدی به¬نام رول باتل برای خالص¬سازی قارچ¬های بی¬هوازی استفاده شد. از آنتی¬بیوتیک¬های ضد باکتریایی همچون آمپی¬سیلین، پنی¬سیلین، استرپتومایسین، اکسی تتراسایکلین و کلرامفنیکل به منظور جداسازی و خالص¬سازی قارچ¬های بی¬هوازی از محتویات دستگاه گوارش استفاده شد. با توجه به ویژگی¬های ریخت¬شناسی، جنس neocallimastix و گونه¬های orpinomyces joyonii, piromyces mae, piromyces communis, piromyces minutus, piromyces rhizinflata در شکمبه گاو سیستانی شناسایی شدند.