مطالعه حاضر با هدف تاثیر برخی عوامل فیزیکی و شیمیایی آب اسیدیته ، دما، شوری، هدایت الکتریکی(ec)، آهن، سیلیکات، اورتوفسفات، نیترات، بر تنوع و تراکم جمعیت دیاتومه های رودخانه شاهرود در چهار فصل بهار، تابستان، پاییز و زمستان 1391-1392 انجام شد. نمونه ها از سطح بسترهای طبیعی اپی لیتون، اپی فیتون و اپی پسامون از رودخانه شاهرود واقع در استان قزوین جمع آوری شدند. در مسیر رودخانه 9 ایستگاه در یک محدوده بیش از 95 کیلومتری برای نمونه برداری از بستر های طبیعی انتخاب گردید. فاکتورهای نیترات، اورتوفسفات، سیلیکات، آهن، شوری، هدایت الکتریکی(ec) و ph در تمام ایستگاه ها مورد اندازه گیری قرار گرفتند. تغییرات جمعیت دیاتومه ها و ارتباط آن با فاکتورهای فیزیکی و شیمیایی بررسی گردید. رودخانه دارای عمق آب کمتر از نیم متر و دمای بین 22-5/7 درجه سانتی گراد، میزان هدایت الکتریکیs.cm -1 672 -200، میزان ph از 75/8 – 09/8 بود. غلظت مواد مغذی (mg l-1 00/0 – 03/0po43- : ، mg l-1 52/3 – 97/1 no3- : ، mg l-1 44/4 – 73/10sio2: ، mg l-1) نشان دهنده و ضعیت تروفیک رودخانه است. نمونه ها پس از شستشو و تهیه اسلاید با استفاده از میکروسکوپ نوری مورد بررسی قرار گرفتند. در این مطالعه 23 جنس دیاتومه شناسایی شد که طبق شمارش های انجام شده جنس cymbella در تمام فصول و ایستگاه ها غالب بود. جنس های غالب دیاتومه در فصل پاییز به ترتیب شامل cymbella sp، cocconeis pediculus، nitzchia sp، diatoma vulgaris و cymbella lanceolate (57/46 ±70/52، 15/52 ±89/40، 30/22 ±77/33، 69/29 ±66/33، 26/36 ±59/30) بودند (شکل3-38). جنس های غالب دیاتومه در اولین نمونه برداری فصل زمستان به ترتیب شامل diatoma vulgaris و cymbella lanceolate (55/51 ±81/62، 94/46 ±81/53) بودند (شکل3-39). در دومین نمونه برداری فصل زمستان فراوانی جنس cymbella sp افزایش یافت. در این فصل جنس های غالب به ترتیب شامل diatoma vulgaris،cymbella sp و cymbella lanceolate (98/56 ±96/58، 47/22 ±56/42و 90/37±74/35) بودند(شکل3-40). در فصل بهار جنس nitzchia sp افزایش یافت. در این فصل جنس های غالب به ترتیب شامل diatoma vulgaris و nitzchia sp (29/65 ±07/77و 64/42±37/55) بودند. جنس های غالب دیاتومه در فصل تابستان همانند فصل بهار به ترتیب شامل diatoma vulgaris و nitzchia sp (70/48 ±67/46و 37/79±78/95) بودند.به منظور ، آنالیز چند متغیره cca (آنالیز تطبیقی متعارف) برای اثر فاکتورهای فیزیکو-شیمیایی آب بر روی جمعیت دیاتومه ها انجام شد. براساس نتایج حاصل از آنالیز (cca)، ec و dqi که با جهت منفی محور اول و دوم همبستگی نشان دادند مهمترین عوامل موثر بر گونه های achnantidium minutissimum، diatoma vulgaris، cymbella kotah و cymbella affinis هستند. همچنین wms و tdi که با جهت مثبت محور اول همبستگی داشتند بر گونه های cocconeis pediculus، diploneis elliptica اثر گذار هستند. از طرفی o2 که با جهت مثبت محور دوم همبستگی دارد بر گونه های diploneis elliptica، hannaea arcus و navicula tripunctata تاثیر می گذارد. p که با جهت منفی محور اول و جهت مثبت محور دوم همبستگی دارد مهمترین عامل موثر بر neidium dinoformis و gomphonema kotah می باشد. در مجموع 6 عامل محیطی تاثیرگذار بر گونه ها توسط محورهای cca شناسایی شد که عوامل ec، p و dqi با هر دو محور اول و دوم، wms و tdi تنها با محور اول و o2 تنها با محور دوم همبستگی داشتند. نتایج حاصل از بررسی شاخص های زیستی (tdi و gi) و کیفی (wqi) آب نشان داد که رودخانه شاهرود دارای وضعیت تروفی الیگو- مزوتروف و به لحاظ کیفی دارای کیفیت مناسب و خوبی می باشد.