یکی از مهمترین زئوپلانکتون هایی که در نواحی مصبی و دریایی مورد تغذیه آبزیان قرار می گیرد سخت پوست پارامایسیس اینترمدیا paramysis intermedia است. با توجه به وجود ذخایر این زئوپلانکتون در خلیج فارس و دریای عمان، آگاهی از ساختار ژنتیکی و جمعیتی آن به منظور حفظ تنوع زیستی و خزانه ژنی حائز اهمیت می باشد. در پژوهش حاضر ساختار ژنتیکی و جمعیتی سخت پوست پارامایسیس اینترمدیا در دو منطقه تیاب در حوزه خلیج فارس و خلیج گواتر در حوزه دریای عمان برای اولین بار با استفاده از توالی یابی ژن میتوکندریایی 16s rrna بررسی شد. استخراج dna با روش فنل-کلروفرم انجام شد و با بهینه سازی واکنش pcr جهت تکثیر ژن 16s rrna، مناسب ترین دما برای اتصال آغازگر دمای 48 درجه سانتیگراد به دست آمد. نتایج 10 نمونه توالی یابی شده با استفاده از آغازگر forward شامل 365 باز همردیف شده ژن 16s rrna، 339 جایگاه ژنی مونومورف، 26 جایگاه ژنی پلی مورف و 27 موتاسیون نشان داد که نشان دهنده نرخ بسیار کم موتاسیون در این گونه بین دو منطقه مورد مطالعه بود. هیچ گونه چند شکلی اضافه و حذف مشاهده نشد. تعداد نه هاپلوتیپ در دو منطقه شناسایی شد بدین صورت که تعداد پنج هاپلوتیپ در خلیج گواتر و چهار هاپلوتیپ در تیاب به دست آمد. دو نمونه منطقه تیاب دارای هاپلوتایپ مشترک بودند (هاپلوتایپ شماره 2) ولی تمامی هاپلوتیپ های منطقه خلیج گواتر منحصر به فرد بودند. بین نمونه های دو منطقه تیاب و خلیج گواتر هیچ هاپلوتیپ مشترکی به دست نیامد. میزان تنوع هاپلوتیپی در تیاب به میزان 161/0 ± 99/0 و در خلیج گواتر به میزان 136/0 ± 000/1 ثبت گردید. همچنین تنوع نوکلئوتیدی درون جمعیتی برای ژن مورد بررسی در تیاب به میزان 178/0 ± 285/0 و در خلیج گواتر به میزان 009/0 ± 014/0 ثبت شد. میزان تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی برای تمامی نمونه ها بین دو منطقه به ترتیب 003/0 ± 978/0 و 000/0 ± 035/0 محاسبه شد. مقدار هتروزایگوسیتی مورد انتظار برای منطقه تیاب بیشتر (184/0 ± 287/0) از خلیج گواتر (088/0 ± 014/0) به دست آمد. مقدار شاخص fst در سطح احتمال 05/0 بین دو جمعیت 18/0 و معنی دار بود (05/0>p). در ترسیم درخت تکاملی به روش upgma به همراه یک outgroup متعلق به ماهی سفید دریای خزر سه کلاستر مشخص و مجزا به دست آمد که نمونه های خلیج گواتر در یک کلاستر و نمونه های منطقه تیاب در دو کلاستر مختلف دیگر قرار گرفتند و جدایی دو منطقه به وضوح دیده شد. میانگین مقدار آزمون tajimas d و fus fs بین دو منطقه، به ترتیب 12/0- و 51/2 محاسبه و هر دو شاخص معنی دار نبودند که نشان دهنده عدم بسط و گستردگی جمعیتی بین نمونه های دو منطقه می باشد. نتایج کلی نشان داد که تنوع هاپلوتیپی درون جمعیتی و بین جمعیتی بالایی در بین جمعیت های پارامایسیس اینترمدیا در دو منطقه تیاب و خلیج گواتر در خلیج فارس و دریای عمان وجود دارد. میزان تنوع نوکلئوتیدی درون و بین جمعیتی پارامایسیس در منطقه تیاب در خلیج فارس بیشتر از منطقه خلیج گواتر در دریای عمان بود. همچنین نتایج نشان داد که جمعیت های پارامایسیس اینترمدیا در منطقه تیاب و خلیج گواتر احتمالاً جمعیت های مجزایی را از نظر ژنتیکی تشکیل می دهند.