مقدمه: مالتیپل اسکلروزیس (ms) یک بیماری خودایمن است و یکی از شایعترین عوامل ناتوانی نورولوژیک، بویژه درجوانان می باشد. ms نتیجه تاثیر متقابل عوامل ژنتیکی و محیطی ناشناخته است. فراوانی برخی هاپلوتایپ های آنتی ژن لوکوسیت انسان (hla) مانندhla class ii (drb1*1501, dqa1*0102, dqb1*0602) در بیماری ms موثر شناخته شده اند. آلل hla dqa1*0102 با استعداد ابتلا بهms در برخی جمعیت ها همراهی داشته است. هدف ما از این مطالعه تخمین فراوانی و همراهیhla-dqa1*0102 با بیماری ms در بیماران مبتلا در استان خوزستان می باشد. مواد و روشها: دراین مطالعه فراوانی آلل hla-dqa1*0102 در 205 بیمار مبتلا به ms در استان خوزستان و 202 کنترل بررسی شد. در بین بیماران 80% به عنوان rrms و دیگر بیماران به عنوان spms ,ppms ,prms دسته بندی شدند. hla typing برایhla dqa1*0102 با استفاده از روش pcr-ssp انجام گرفت. نتایج و بحث: این بررسی نشان داد که فراوانی آلل hla-dqa1*0102 در بیماران 60% (205/123) و در کنترل 73% ( 202/147) می باشد. آنالیز اطلاعات با استفاده از نرم افزار آماری spss 16 و آزمون مربع کای انجام گرفت که یک همراهی منفی بین hla-dqa1*0102 و بیماری ms نشان داد (p=0.006). این مطالعه اولین بررسی فراوانی hla-dqa1*0102 در بیماران مبتلا به ms در استان خوزستان است و نتایج ما در راستای برخی مطالعات انجام شده در کشورهای دیگر می باشد.