به منظور شناسایی ژنوتیپ های متحمل و حساس برنج به تنش خشکی، آزمایشی با 59 ژنوتیپ برنج در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در دو محیط بدون تنش ( غرقاب) و تنش خشکی در سال زراعی 1392در شهرستان علی آباد کتول مورد مطالعه قرار گرفت. بیشترین میانگین عملکرد در شرایط نرمال متعلق به ژنوتیپ های caiapo و ir68702–072–1-4-bبه ترتیب 296/7 و 203/7 تن در هکتار بود. در شرایط تنش بیشترین میانگین متعلق به ژنوتیپ های caiapo و pegaso به ترتیب 743/2 و 679/2 تن در هکتار بود. تجزیه کلاستر بر اساس wardروش و برش دندروگرام موجب گروه بندی ارقام در 3 گروه درشرایط نرمال و تنش خشکی گردید. برای بررسی تنوع مولکولی dna ژنومی آنها استخراج و با 36 نشانگر ریزماهواره و 10 نشانگر بین ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفتند. از 36 جفت آغازگر ریزماهواره در مجموع 189 آلل با میانگین 25/5 آلل در هر مکان ژنی مشاهده شد. میانگین محتوای اصلاعات چند شکل (pic) 58/0 برآورد شد که نشانگر5647 rm با 81/0 بیشترین و 6022 rmبا 32/0 کمترین (pic) نشان دادند. از 10 جفت نشانگر بین ریزماهواره در مجموع 144 باند با میانگین 4/14 باند به ازای هر جایگاه نشانگری ایجاد نمود و از 144 باند تشکیل شده 17/69 درصد از باند ها چندشکل بودند. آغازگر issr-10 با توالی آغازگری (gt)6cc بیشترین درصد چندشکلی(80 درصد) و آغازگر issr-9 با توالی آغازگری (actg)4 کمترین درصد چندشکلی (55/55) داشتند. بیشترین محتوای اطلاعات چند شکل(pic) را آغازگر issr-7 با 49/0 و آغازگرهایی issr-2، issr-8، issr-9 و issr-10 با 47/0 کمترین مقدار pic را به خود اختصاص دادند. نشانگر issr-10 با 8/34 بیشترین شاخص نشانگری(mi) و نشانگرissr-4 با 23/28 کمترین مقدار شاخص نشانگری را داشتند. براساس تجزیه رگرسیون داده های مولکولی و صفات مورفولوژیکی، برای نشانگر های ریزماهواره در مجموع 90 نشانگر برای شرایط نرمال و 69 نشانگر برای شرایط تنش خشکی برای صفات مرفولوژیکی شناسایی شد. در شرایط نرمال تعداد خوشه و تعداد روز تا گلدهی با 9 نشانگر و در شرایط تنش خشکی وزن خوشه با 9 نشانگر بیشترین نشانگر های مثبت را نشان دادند. برای نشانگر های بین ریزماهواره در مجموع 70 نشانگر برای شرایط نرمال و 72 نشانگر برای شرایط تنش خشکی برای صفات مرفولوژیکی شناسایی شد. در شرایط نرمال عرض برگ پرچم با 9 نشانگر و در شرایط تنش خشکی طول خروج خوشه از غلاف، عرض برگ پرچم، تعداد دانه کل، تعداد دانه پر خوشه و عملکرد در هکتار با 6 نشانگر بیشترین نشانگر های مثبت را نشان دادند. ازنتایج این تحقیق می توان در برنامه های اصلاحی برای ایجاد جمعیتی با هتروزیگوسیتی بالا برای تحمل به تنش خشکی در ژنوتیپ های برنج استفاده شود