زمانی که اصفهان پس از حمله محمود افغان در بوته فراموشی به سر می برد و در تمامی زمینه ها دچار انحطاط و عقب ماندگی شده بود، شخصیّتی مدبّر و ثروتمند به نام محمّدحسین خان صدراصفهانی در سال اوّل تاجگذاری آقا محمّد خان 1210ق (1174ش/1796م) به حکومت اصفهان منصوب شد. وی به تقلید از سلاطین صفوی اقدامات عمرانی زیادی در اصفهان صورت داد که بزرگترین آن، به نقل بیشتر مورخان، بنای مدرسه صدر بود. این نهاد آموزشی بین سالهای (1234-1239ق) (1197-1202ش/1819-1824م) و در ایّام صدراعظمی محمّدحسین خان در دربار فتحعلی شاه تأسیس شد. محمد حسین خان صدر فرصت تکمیل بنا در سالهای آخر عمر خود را به دست نیاورد و ساخت بنا نیمه کاره رها ماند و فقط یک طبقه از مدرسه آن هم بدون کاشی کاری و تزئینات ساخته شد و حتی صیغه وقف هم جاری نشد که این مسأله باعث مشکلات بسیار زیادی گردید. امین الدوله فرزند محمدحسین خان صدر هم کاری از پیش نبرد و به دلیل کثرت مشاغل درباری و اوضاع نابهنجار اصفهان نتوانست صیغه وقف را بر مدرسه جاری کند و تنها ثلث اموالش را جهت اتمام مدرسه صدر در نظر گرفت. علی محمدخان نظام الدوله فرزند امین الدوله هم کاری نکرد تا اینکه فرزندانش در سال 1291ق (1253ش/1874م) صیغه وقف را خواندند و این سرآغازی بود بر شروع فعالیت آموزشی مدرسه صدر اصفهان. شکوه و عظمت مدرسه صدر باعث رکود بسیاری از مدارس اصفهان گردید. در حالی که بسیاری از حجره های مدارس خالی از طلبه بودند، بر سر اقامت در حجره های مدرسه صدر نزاع و کشمکش وجود داشت. نفوذ سیاسی و اقتصادی خاندان صدر، موقوفات و رقبات زیاد مدرسه، وجود مدرسّان مشهور و توانمند، شهریه زیاد طلّاب ، تدریس دروس مختلف از فقه و اصول، حدیث و تفسیر گرفته تا فلسفه، منطق، نجوم، ریاضیات و طب و تنوع اساتید در این نهاد آموزشی، همگی از عوامل رونق مدرسه صدر بود. در حقیقت زمانی که تدریس علوم عقلی مثل فلسفه و حکمت در مدارس عصر قاجار با تهمت کفر، الحاد و زندقه همراه بود، مدرّسان مدرسه صدر احیاگر مکتب فلسفی ملّا صدرا در اصفهان بودند.