گیاه حنا با نام علمی lawsonia inermis به عنوان یک گیاه دارویی در ایران و جهان شناخته شده است. در این تحقیق با کمک نشانگر¬های rapd و issr تنوع ژنتیکی ژرم¬پلاسم حنای استان کرمان مورد ارزیابی قرار گرفت. برگ¬های حنا از 12 رویشگاه مناطق مختلف استان کرمان جمع¬آوری شدند. استخراج dna از برگ این گیاه به کمک روش ctab با کمی تغییر صورت گرفت.کمیت و کیفیت dna استخراج شده توسط دستگاه الکتروفورز و اسپکتروفتومتری اندازه¬گیری شد. از 11 پرایمر rapdبه دلیل سرعت بالا و هزینه نسبتا کم استفاده شد که تعداد 10پرایمر باند¬های واضح¬تری را در واکنش زنجیره¬ای پلی¬مراز(pcr) تولید کرده بودند به همراه 3 پرایمر issr که در آنها تفاوت باند کاملا مشخص بود برای آنالیز مورد استفاده قرار گرفتند. از این تعداد آغازگر تعداد 178 قطعه چند شکلی بدست آمد و امتیازدهی، انجام شد. ماتریس صفر و یک به دست آمده با کمک نرم¬افزار ntsys-pc با استفاده از ضریب تشابه جاکارد به ماتریس تشابه تبدیل شده و سپس با استفاده از الگوریتم میانگین فاصله (upgma) دندوگرام مربوطه رسم شد. با توجه به نتایج حاصل، 12 منطقه انتخاب شده استان کرمان در 4 گروه مجزا قرار گرفتند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که نشانگر¬های rapd و issr قدرت تمایز خوبی برای تعیین تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی این اکوتیپ¬ها ارائه کرده¬اند. در آزمایش بعدی میزان لاوسون موجود در عصاره متانولی 12 منطقه مختلف استان کرمان توسط دستگاه کروماتوگرافی¬مایع مورد بررسی قرار گرفت. عصاره متانولی از برگ¬های خشک شده مناطق مختلف، بر اساس روش ماسیراسیون با کمی تغییرات استخراج شده است. استاندارد مربوط به لاوسون تهیه گردید و به دستگاه کروماتوگرافی¬مایع (hplc) تزریق شد. پیک مربوط به لاوسون پس از بهینه سازی روش مربوط به کروماتوگرافی¬مایع شناسایی شد. عصاره¬های به دست آمده از هر نمونه را به دستگاه کروماتوگرافی¬مایع تزریق شد. داده¬های حاصل از تزریق توسط نرم افزار excel آنالیز شد. نتایج نشان داد که بیشترین میزان لاوسون در عصاره گیاهی منطقه جیرفت (j5) و کمترین میزان در عصاره گیاهی منطقه شهداد (sh1) می¬باشد. نتایج حاکی از آن است که میزان لاوسون موجود در هر منطقه تابع عوامل محیطی زیادی از جمله نحوه کشت، نحوه آبیاری، شرایط جغرافیایی، میزان دما و میزان تابش نور خورشید می¬باشد.