برنج یکی از مهم ترین مواد غذائی و منبع غنی از کربوهیدرات ها برای 90 درصد از مردم جنوب و جنوب شرقی آسیا است. این تحقیق جهت بررسی تنوع ژنتیکی مجموعه ای از 96 رقم ایرانی، خارجی و اصلاح شده برنج (oryza sativa l.)با استفاده از 25 نشانگر ssr پیوسته با صفات ظاهری انجام گرفت. تجزیه واریانس، تفاوت معنی داری برای 16 صفت ظاهری نشان داد و مقایسه میانگین نیز نشان داد که برخی از لاین های ارسالی توسط موسسه تحقیقات بین المللی برنج (irri)، از لحاظ عملکرد و صفات مهم زراعی دیگر نسبت به سایر ژنوتیپ ها برتری داشتند. تعداد دانه پوک و وزن هزاردانه به ترتیب دارای بیشترین و کمترین ضریب تنوع ژنوتیپی و فنوتیپی بودند. وراثت پذیری عمومی صفات از 97 درصد برای صفت عملکرد شلتوک تا 24 درصد برای صفت وزن هزاردانه متغیر بود. بر طبق نتایج حاصله، تمام 25 توالی ساده تکراری (ssr)، در 96 ژنوتیپ مورد مطالعه، چندشکلی نشان دادند و در مجموع 142 آلل با میانگین 68/5 آلل در هر جایگاه ژنی مشاهده شد. در میان نشانگرها، نشانگر rm117 و rm6836 دارای بیشترین تعداد آلل (8) و نشانگرهای rm7037، rm3909، rm1237، rm543، rm190 و rm5 دارای کمترین تعداد آلل (4) بودند. میانگین شاخص pic، نیز 762/0 برآورد شد. متوسط هتروزیگوسیتی بر اساس شاخص تنوع ژنی نی 765/0 از 587/0 تا 845/0، به ترتیب در نشانگر rm190 و rm6836 متغیر بود. دامنه شاخص تنوع شانون، بین 07/1 در rm190 تا 93/1 در rm6836 با میانگین 55/1 به ازای هر نشانگر بود. تجزیه خوشه ای به روشupgma بر اساس ضریب تطابق ساده، ژنوتیپ های مطالعه شده را بر اساس زمینه ژنتیکی آن ها به 6 گروه تقسیم کرد. از آنجا که استفاده از والدین مشابه در کارهای اصلاحی باعث کاهش تنوع ژنتیکی خواهد شد، از این اطلاعات برای طراحی تلاقی ها در جهت افزایش تنوع می توان بهره برد.