گیاه چندمنظوره هوهوبا[simmondsia chinensis (link) schneider] معروف به درخت معجزه، درختچه ای دو پایه، همیشه سبز، بیابانی و دگرگشن، بومی صحرای سونوران و از خانواده simmondsiaceae است که دارای دانه هایی حاوی 50% روغن است. در این بررسی سه جمعیت شامل 241 درختچه های هوهوبای موجود در شهر های کرمان، شهداد و جهرم در ایران در زمان های مختلف یادداشت برداری از صفات مورفولوژیک و با استفاده از نشانگر مولکولیrapd و issr از لحاظ تنوع ژنتیکی بررسی شدند. در بررسی مورفولوژیک صفاتی نظیر ارتفاع بوته، تعداد شاخه اصلی، طول ساقه، تعداد برگ¬ها، طول و عرض برگ و شاخص شکل برگ، سطح برگ و صفات مربوط به بذر شامل وزن کل بذور، وزن پوسته، نسبت وزن پوسته به وزن بذر، وزن صد بذر، وزن تک بذر، تعداد کل بذور، طول و عرض بذر و شاخص شکل آن، تعداد گل، تعداد میوه، نسبت تشکیل میوه به گل اندازه گیری شد. تجزیه¬های آماری شامل تجزیه به عامل ها، تجزیه خوشه ای، تجزیه واریانس در قالب طرح کاملاً تصادفی نامتعادل و مقایسه میانگین، همبستگی فنوتیپی، رگرسیون گام به گام، تجزیه ضرایب مسیر و آزمون t جفت نشده با استفاده از داده های به دست آمده انجام شد. داده ها با استفاده از نرم افزار spss 16.0 و sas، excel و matlab تجزیه و تحلیل شد. تجزیه به عامل ها 3 عامل را معرفی کرد که بیش از 77% از تنوع فنوتیپی را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها را به گروه های متفاوتی تقسیم کرد. 24 بوته ماده در گروه های متفاوت عملکرد بالاتر از 100 گرم داشتند. بوته d15 بیش ترین مقدار عملکرد را داشت (6/497 گرم). در بررسی همبستگی بین صفات، عملکرد بوته با صفات ارتفاع بوته، طول برگ، وزن پوسته بذر، نسبت وزن بذر به وزن پوسته، وزن صد بذر، تعداد کل بذور یک بوته، طول بذر، عرض بذر، وزن تک بذر، تعداد گل، تعداد میوه و نسبت میوه به گل همبستگی داشته است. به مدل رگرسیون به دست آمده 4 صفت وزن پوسته، نسبت وزن بذر به وزن پوسته، تعداد کل بذور و تعداد گل وارد شد. مدل ارائه شده بیش از 96% از تغییرات مشاهده شده را توجیه کرد. تجزیه ضرایب مسیر با استفاده از وزن پوسته، نسبت وزن بذر به وزن پوسته، تعداد بذور و تعداد گل تخمین زده شد و نتایج نشان دادند که وزن پوسته بیش ترین اثر مستقیم و غیرمستقیم را داشت. آزمون t جفت نشده معنی داری تعدادی از صفات را در بررسی دو به دوی مناطق که مقایسه ای بین کشت آبی و دیم بود، نشان داد. نظر به اینکه توده های مورد بررسی حاصل کشت دان هال های بذری بودند، تفاوت مورد انتظار بین بوته ها مشاهده شد. جهت انجام بررسی های مولکولی از برگ گیاه با استفاده از روش ctab بهینه شده ساقاری و همکاران (1998) dna استخراج شده و تنوع موجود در بین بوته ها با استفاده از تفاوت مشاهده شده ناشی از اتصال آغازگرهای نشانگرهای rapd و issr بر روی ژل آگارز آشکارسازی شد. نتایج با استفاده از نرم افزار gene tools و excel و ntsys تجزیه و تحلیل شد. نتایج حاکی از کارایی بالای آغازگرهای انتخاب شده در بررسی تنوع ژنتیکی میان بوته های هوهوبا در ایران بود. ژنوتیپ های هوهوبا از طریق خوشه بندی با ضریب تشابه جاکارد در گروه های مختلف قرار گرفتند که حاکی از تنوع بالا در بین ژنوتیپ های مورد بررسی بود. مقایسه گروه بندی فنوتیپی و ژنتیکی حاکی از تأثیر محیط در بیان صفات بود.