به منظور بررسی کیفیت بذر حاصل از مزارع گواهی شده و خودمصرفی گندم و ارزیابی تنوع گونه-ای، کارکردی و ساختار جوامع علف های هرز در این مزارع یک پایش منطقه ای در سه استان کشور (البرز- تهران، کرمانشاه و آذربایجان غربی) در سال زراعی 91-90 انجام شد. یک نمونه یک کیلوگرمی بذر از محصول برداشت شده هر مزرعه اخذ و به آزمایشگاه منتقل گردید. عوامل مورد مطالعه شامل سه استان، چهار منطقه در هر استان و 12 مزرعه در هر منطقه (شامل شش مزرعه خودمصرفی و شش مزرعه گواهی شده) بود و در مجموع 144 نمونه بذر از مزارع جمع آوری و به آزمایشگاه تجزیه کیفی بذر موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال منتقل گردید. نمونه های جمع آوری شده از لحاظ کیفیت بذر (خلوص فیزیکی، آلودگی به بذر علف های هرز، جوانه زنی و بنیه (ویگور)، خلوص ژنتیکی و سلامت بذر) مورد ارزیابی قرار گرفتند. برای تجزیه و تحلیل آماری اطلاعات مربوط به صفات فیزیولوژیک و علف های هرز از طرح آشیانه ای استفاده شد. پس از آزمون اولیه توزیع نرمال باقیمانده ها، داده ها با استفاده از رویهglm و روش های آشیانه ای نرم افزار آماری (2002 (sas institute inc. sas تجزیه واریانس (anova) شدند. تجزیه آشیانه ای بوسیله آشیان کردن مزارع درون نظام های تولید بذر و همچنین آشیان کردن نظام های تولید بذر درون مناطق انجام گرفت. برای تعیین معنی دار بودن استان ها از واریانس اثر متقابل استان در منطقه به عنوان واریانس خطا استفاده شد. تفاوت بین میانگین ها با استفاده از آزمون چند دامنه ای دانکن در سطح احتمال آماری 5% مشخص گردید. عوامل مورد مطالعه برای ارزیابی بیماری های بذرزاد و آزمون خلوص ژنتیکی شامل سه استان، چهار منطقه و دو نوع نظام تولید بذر و در مجموع ارزیابی بر روی 24 نمونه بذر صورت گرفت. برای تجزیه و تحلیل آماری اطلاعات مربوط به بیماری های بذرزاد، طرح کاملاً تصادفی مورد استفاده قرار گرفت. از آنجائی که داده های مربوط به بیماری های بذرزاد از توزیع نرمال برخوردار نبودند، بنابراین از رویهnpar1way نرم افزار آماریsas برای مقایسه میانگین های غیرپارامتریک استفاده شد (kruskal-wallis test). هنگامی که آزمون kruskal-wallis h معنی دار شد، تفاوت بین تیمارها با استفاده از مقایسه های چندگانه دو به دو مشخص گردید. برای تجزیه و تحلیل اطلاعات مربوط به خلوص ژنتیکی بذرها از نرم افزار مهندسی bita (biochemical imaging technique for analysis) استفاده شد. بر اساس نتایج بدست آمده، از نظر کیفیت فیزیولوژیک بذر، بین نظام بذرگواهی شده و خودمصرفی بجز سرعت جوانه زنی و متوسط زمان جوانه زنی بذر در بقیه صفات تفاوت معنی داری مشاهده نشد. از لحاظ صفات درصد گیاهچه عادی و شاخص طولی بنیه گیاهچه تفاوت معنی داری بین استان های مورد مطالعه مشاهده شد، به طوری که بیشترین و کمترین آنها به ترتیب مربوط به استان آذربایجان غربی و کرمانشاه بود. خلوص بالاتر بذر و میزان کمتر آلودگی به علف هرز در نظام بذر گواهی شده در مقایسه با نظام خودمصرفی، مشاهده گردید. تعداد بذر، جنس و گونه علف های هرز در مرحله قبل از بوجاری در مزارع گواهی شده به ترتیب 50%، 18% و 18% کمتر از مزارع خودمصرفی و پس از بوجاری به ترتیب 83%، 45% و 45% کمتر از مزارع خودمصرفی بود. همچنین مشخص گردید که به ترتیب 97%، 83% و 83% از تعداد، جنس و گونه بذر علف های هرز در نمونه های بذر خودمصرفی از طریق بوجاری جدا شدند. این اطلاعات نشان دهنده نقش تعیین کننده بوجاری بذر در حذف مقادیر خیلی زیادی از بذر علف های هرز به مزرعه می باشد. بین نظام های تولید بذر از لحاظ خلوص ژنتیکی تفاوت معنی داری یافت نشد. به طورکلی بالاترین میزان خلوص ژنتیکی در استان های مورد مطالعه (99%) مربوط به نمونه بذر خودمصرفی مربوط به منطقه ماهیدشت از استان کرمانشاه و بذر گواهی شده مربوط به منطقه نقده از استان آذربایجان غربی بود. کمترین میزان خلوص ژنتیکی مربوط به نمونه های بذر گواهی شده منطقه روانسر (26%) از استان کرمانشاه بود. گرچه از لحاظ میزان بیماری های بذرزاد تفاوت معنی داری بین نظام خودمصرفی و گواهی شده مشاهده نشد ولی نمونه های بذر مربوط به بخش گواهی شده از سلامت بذر بیشتری نسبت به نظام خودمصرفی برخوردار بودند. به طورکلی می توان بیان داشت که بجز میزان آلودگی نمونه های بذر به علف های هرز در بقیه صفات مطالعه شده تفاوت معنی داری بین نظام های تولید بذر وجود نداشت و می توان گفت که بخش تولید بذر رسمی در این موارد با مشکلاتی همراه بوده است که بایستی با مطالعه بیشتر خصوصاً در بذرهای پایه مشکلات را شناسایی کرده و در صدد رفع آنها برآمد، در غیر این صورت در آینده با مشکلات بیشتری روبه رو خواهیم شد. همچنین مشخص گردید که با بوجاری بذر، بخش وسیعی از علف های هرز از نمونه بذر جدا می گردد، بنابراین توصیه می شود که حداقل بخشی از بذرهای خود مصرفی که قرار است در آینده مورد کشت و کار قرار گیرند، بوجاری گردند.