مشکلات ناشی از منابع سوخت¬های فسیلی سبب مطرح¬شدن سوخت¬های جایگزینی از قبیل بیو¬اتانول و بیودیزل شده¬است. یکی از مناسب-ترین روش¬های تولید بیو¬اتانول استفاده از منابع لیگنوسلولزی به¬وسیله میکرو¬ارگانیسم¬ها می¬باشد. قارچ موکور¬ایندیکوس یکی از مناسب-ترین گزینه¬ها برای تولید بیو¬اتانول می¬باشد. این قارچ علاوه بر اتانول قادر به تولید مقادیر قابل ملاحظه¬ای کیتوزان و اسید¬های چرب است. در این تحقیق با تغییر شرایط استخراج، میزان بازده استخراج روغن از قارچ موکور¬ایندیکوس از 2/5% به 14% افزایش یافت. در¬ادامه تاثیرمورفولوژی¬های مختلف قارچ موکور¬ایندیکوس، مدت زمان و دمای تخمیر، حضور و غیاب اکسیژن، منابع قندی مختلف و تغییر غلظت منبع نیتروژنی بر¬روی تولید اتانول، گلیسرول، پروتئین،کیتوزان، کیتین، فسفات و روغن مورد بررسی قرار¬گرفت. بالاترین بازده اتانول و گلیسرول در مورفولوژی مخمری شکل ( به¬ترتیب برابر 0/43 و 0/046(گرم به گرم قند)) حاصل¬شد. اما محتویات کیتین و کیتوزان در مورفولوژی رشته¬ای بیش¬ترین مقدار را به خود اختصاص داد (به¬ترتیب 0/215 و 0/165(گرم به گرم aim)). بعلاوه میزان روغن در مورفولوژی مخمری ( 8% (گرم به گرم توده زیستی)) به مراتب کمتر از مورفولوژی رشته¬ای (14% (گرم به گرم توده زیستی)) بود. در زمان 24 ساعت میزان اتانول و روغن (به ترتیب معادل 0/41 (گرم به گرم قند) و 17/5% (گرم به گرم توده¬زیستی)) نسبت به زمان¬های 48 و 72 ساعت، بیش¬تر بود. ترکیب درصد دیواره سلولی قارچ با تغییر زمان کشت تغییر محسوسی نداشت. در دمای c?28 نسبت به دماهای c?32 و c?37 بیش¬ترین میزان تولید اتانول، گلیسرول و روغن به¬دست¬آمد (به¬ترتیب 0/327(گرم به گرم قند)، 0/035 (گرم به گرم قند) و 14/5% (گرم به گرم توده¬زیستی)). در این دما میزان کیتوزان موجود در دیواره سلولی به مقدار جزئی کاهش یافته ولی درصد سایر اجزای دیواره¬سلولی با تغییر دما، تغییر محسوسی نداشته¬است. در کشت بی¬هوازی نیز میزان تولید اتانول، گلیسرول، کیتین و روغن بیش¬تر از شرایط هوازی به¬دست¬آمد اما میزان کیتوزان به¬دست¬آمده ( به¬میزان 0/039 (گرم به گرم aim) ) کاهش یافت. تولید اتانول، گلیسرول، پروتئین، کیتین و روغن، زمانی که قند زایلوز به جای گلوکز در محیط کشت استفاده شد (به¬ترتیب برابر 0/185(گرم به گرم قند)، 0/02(گرم به گرم قند)، 0/037(گرم به گرم توده¬زیستی)، 0/046 (گرم به گرم aim) و 1% (گرم به گرم توده¬زیستی))کاهش یافت، در حالی که بازده تولید کیتوزان0/056(گرم به گرم aim) افزایش داشت. هم¬چنین بیش¬ترین میزان اتانول، گلیسرول و پروتئین برای غلظت 7/5 (گرم بر لیتر) آمونیوم سولفات (معادل غلظت منبع نیتروژنی درکشت پایه) به¬ترتیب برابر 0/315، 0/032 (گرم به گرم قند) و 0/509(گرم به گرم aim)) به¬دست¬آمد. میزان روغن در غلظت¬های 0، 1 و 10 (گرم بر لیتر) آمونیوم¬سولفات، بیشترین مقدار را داشت. هم¬چنین، میزان کیتین و کیتوزان در 1 (گرم بر لیتر) آمونیوم¬سولفات به بیشترین مقدار خود ( به¬ترتیب 0/339 و0/37 (گرم به گرم توده¬زیستی)) رسید.