شناسایی تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی، برای دست یابی به ارقام مطلوب در مرکبات مهم و ضروری است. مرکبات از خانواده rutaceae و زیر خانواده aurantioideae هستند. این پژوهش به منظور بررسی روابط و تنوع ژنتیکی برخی از ژنوتیپ های مرکبات با استفاده از نشانگر های مورفولوژیکی و مولکولی انجام شد. در آزمایش اول 61 صفت کمی و کیفی گل، میوه و برگ روی 29 ژنوتیپ مرکبات مورد ارزیابی قرار گرفت. تجزیه خوشه ای بر پایه ماتریس تشابه تطابق ساده و با روش upgma صورت گرفت. بر اساس تجزیه خوشه ای، در ضریب تشابه 0/47 ژنوتیپ های مرکبات مورد مطالعه به پنج گروه تقسیم شدند. بر اساس ماتریس تشابه، تشابه بین ژنوتیپ ها بین 0/22 تا 0/70قرار داشت. که نشان دهنده تنوع قابل مشاهده در بین ژنوتیپ های مورد مطالعه می باشد. کمترین شباهت (0/22) مربوط به دو ژنوتیپ پوملو و تیپ طبیعی ناشناخته (g74) و بیشترین شباهت (0/70) مربوط به دو تیپ طبیعی ناشناخته g65 وg61 بود. در آزمایش دوم تعداد 19 آغازگر rapd، 5 آغازگرirap و 8 آغازگر issr مورد بررسی قرار گرفت. نشانگر rapd دارای بیشترین درصد چندشکلی و محتوای اطلاعات چند شکل بود. ارتباط بین ماتریس های تشابه هر نشانگر با استفاده از آزمون مانتل انجام شد. بیشترین ارتباط بین نشانگر rapd و issr مشاهده شد، در حالیکه نشانگر مورفولوژیکی و irap کمترین ارتباط را داشتند. هرسه آغازگر ژنوتیپ های مورد مطالعه را در 5 گروه قرار دادند. البته در موقعیت قرارگیری بعضی از ژنوتیپ ها در درون گروه ها تفاوت هایی مشاهده شد. هر چهار نشانگر می توانند اطلاعات مفیدی درباره سطح چندشکلی و تنوع مرکبات را فراهم کنند، که نشان دهنده کاربرد آنها در شناسایی ژرم پلاسم مرکبات می باشد.