انار(punica granatum l.) گیاه بومی ایران است که به دلیل اهمیت اقتصادی، زینتی و دارویی کشت و کار می شود. اگرچه این گیاه یکی از مهمترین محصولات باغبانی کشورمان محسوب می شود، اما تا کنون بررسی دقیقی پیرامون توصیف ذخایر ژنتیکی و ژرم پلاسم آن انجام نشده است. ارزیابی تنوع ژنتیکی یکی از ارکان اصلی توصیف و بکارگیری ژرم پلاسم می باشد. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی 738 نمونه انار با منشا جغرافیایی متفاوت از ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. با استفاده از 12 نشانگر چند شکل ریزماهواره (ssr)، تعداد 43 آلل با میانگین 59/3 آلل در هر مکان ژنی و متوسط اطلاعات چندشکلی 458/0 را شناسایی کردیم. علاوه بر ارزیابی پارامترهای تنوع ژنتیکی، آزمون اختصاص بایسین و تجزیه و تحلیل شبکه فیلوژنتیک بمنظور ارزیابی ساختار جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان می دهد که ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در کلکسیون پایه انار می تواند برای استفاده کارامد از ژرم پلاسم و تعیین نقشه ارتباطی مفید باشد. علاوه براین، نشانگرهای ریزماهواره می توانند در گزینش ژنوتیپ های منحصر به فرد و ایجاد کلکسیون هسته موثر باشند. نتایج این تحقیق می تواند در درک بهتر ماهیت ژنتیکی افراد، تعیین روابط ژنتیکی، و منشا جغرافیایی ژرم پلاسم انار مفید بوده و در حفاظت و بکارگیری این ذخایر ژنتیکی نقش موثری ایفا کند. کلمات کلیدی: انار، نشانگر ریز ماهواره (ssr)، کلکسیون هسته، آنالیز فضایی