فلفل با نام علمی capsicum annuum l. گیاهی یک ساله متعلق به خانواده سولاناسه ((solanaceae و دارای خواص دارویی بسیار ارزشمند بوده و در درمان بسیاری از بیماریها از جمله بیماریهای قلبی، فشارخون بالا، چاقی دیابت و نیز در افزایش اشتها کاربرد دارد. با توجه به اهمیت انواع پلاست‏ در این گیاه، تولید گیاهان ترانس پلاستومیک فلفل ارزشمند بوده و اجرای این تحقیق به عنوان اولین حلقه‏ی اساسی هدف گیری شده است. مرحله نخست در این تحقیق تعیین نواحی جناحین در ژنوم کلروپلاست بوده که از ناحیه ژنومی کلروپلاست انتخاب شد. آغازگرهای اختصاصی بر اساس توالی نوکلئوتیدی دانلود شده از بانک اطلاعاتی ncbi و به کمک نرم افزار پرایمربلاست طراحی گردیده و قطعه dna پلاستیدیِ هدف گیری شده، بوسیله واکنش زنجیره‏ای ِپلیمراز تکثیر و سپس به کمک تکنیک t/a-cloning همسانه‏سازی شد. در این همسانه‏سازی از سویه dh5? باکتری‏های e.coliو ناقل خطی ptg19-t استفاده گردید. برای آنالیز باکتری‏های تراریخته از کلنی‏ pcr و روش برش آنزیمی به کمک مکان‏های برشی تعبیه شده در آغازگرها استفاده شد. جهت توالی یابی قطعه همسانه‏سازی شده، پلاسمید هایِ نوترکیب استخراج شده به روش کیت به شرکت bioneer کره جنوبی ارسال و نتایج توالی‏یابی صحت همسانه‏سازی را تایید کرد. میزان تشابه نتایج توالی یابی شده با توالی مرجع 99% و تغییرات نوکلئوتیدی در نواحی همسانه سازی شده مربوط به تغییرات جایگزینی و اضافه شدن بود.