چکیده گیاهان تیره خشخاش (papaveraceae) از جمله گیاهان دارویی هستند که مجاری شیرابه¬ای ویژگی برجسته ساختمانی این خانواده است. این خانواده شامل 260 گونه متعلق به 23 جنس می¬باشد. در میان این جنس¬ها، جنس پاپاور مهم¬ترین و در برگیرنده 100 گونه و دارای سطح بالایی از مواد دارویی قابل تنظیم است. فن های مولکولی ابزارهای موثری برای مطالعه تکامل و فیلوژنی فراهم می¬آورند و بیشترین اطلاعات مربوط به مطالعه خویشاوندی¬ها در سطح گونه و بالاتر، تاکنون از ژنوم کلروپلاستی و توالی¬های بسیار تکراری rrna حاصل شده است. در این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی برخی شقایق¬های غرب ایران متعلق به تیره خشخاش از روش بررسی ملکولی ژن¬های ریبوزومی و کلروپلاستی و همچنین بررسی میزان برخی از آلکالوئیدهای این گیاهان استفاده شد. برای این منظور جمع آوری گونه های احتمالی مورد نظر در چهار استان از غرب ایران (لرستان، ایلام، کرمانشاه و همدان) به روش نمونه¬برداری انتخابی و با زمین پیمایی انجام شد. بعد از تشکیل هرباریوم این نمونه¬ها، توسط منابع و کلیدهای معتبر گیاه شناسی نوع جنس و گونه نمونه ها تعیین شد و مشخص شد که نمونه¬های جمع¬ آوری شده شاملpapaver macrostomum، roemeria refracta، papaver argemone، papaver glaucum و glaucium grandiflorum بودند. واکنش pcr نواحی ژن its با آغازگرهای 17se و 26se و با استراتژی touch down pcr انجام شد و برای نواحی ژن trnl-f از آغازگرهای c و f استفاده گردید. نواحی تکثیری مورد توالی یابی قرار گرفت و صحت توالی های بدست آمده با انجام بلاست تایید شد. نتایج تطابق توالی با clustalw تفاوت¬های تک نوکلئوتیدی در توالی ها را نشان داد. سپس از توالی¬های بدست آمده با نرم افزار mega4 اقدام به تشکیل درخت maximum parsimony گردید. مشخص شد که نمونه¬های papaver جمع آوری شده مونوفیلیک نیستند و روابط ژنتیکی گونه¬ها با هم تشریح شد. در هر دو آنالیز its و trn مشخص شد که roemeria refracta و p.argemone دارای روابط خویشاوندی نزدیکی بوده و همنچنین نمونه های متعددی از گونه های p. macrostomum و p. glaucum در گروه¬های مشابه¬ی قرار گرفتند. نتایج آنالیز گروه بندی بر اساس کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا در مورد تحلیل برخی از مهمترین آلکالوئیدها تا حدودی مشابه با گروه بندی بدست آمده از روش ملکولی بود. واژگان کلیدی: تنوع ژنتکی، شقایق، نشانگر مولکولی، its، trnl-f