اهمیت سیستم حمل و نقل عمومی به دلیل اثری که در فعالیت¬های روزمره انسان¬ها دارد، بر هیچ کس پوشیده نیست. این مسئله به تدریج با افزایش جمعیت پررنگ¬تر نیز می¬شود. لذا، کیفیت آن می¬تواند در ترغیب مسافرین به استفاده از وسایل حمل و نقل عمومی اثرگذار باشد. هدف در این پژوهش، زمان¬بندی ناوگان حمل و نقل عمومی مانند، ناوگان اتوبوسرانی و قطارهای درون شهری است به گونه¬ای که بتوان زمان انتظار مسافرین انتقالی را حداقل کرد. این هدف نیز تنها با حداکثر کردن هماهنگی بین خطوط محقق خواهد شد. با درنظر گرفتن فرض متغیر بودن فاصله زمانی بین دو اتوبوس متوالی در کنار کمینه کردن زمان انتظار مسافرین انتقالی، توانستیم کارهای صورت گرفته در این زمینه را ارتقا بخشیم. مفاهیم عنوان شده، به صورت عدد صحیح مختلط مدل شده است که قابلیت حل با نرم افزارهای برنامه¬ریزی خطی مانند cplex را دارد. به منظور حل مسائل با بعد بزرگ که زمان حل بسیار بالایی را طلب می¬کنند، از روش فراابتکاری جستجو پراکنده استفاده کرده¬ و بر روی یک نمونه موردی، قطار شهری تهران، پیاده سازی کرده¬ایم. در بخش نتایج محاسباتی، کیفیت مدل در قیاس با مدل¬های ارائه شده در کارهای اخیر و بر روی نمونه موردی، نشان داده شده است.