مباحث الهیات بالمعنی الاخص در آثار ابن سینا و ملاصدرا به صورت مشروح مورد بحث قرار گرفته است و آیت الله جوادی آملی به عنوان یکی از حکمای معاصر به آنها توجه داشته و در جهت توضیح و تبیین آنها مباحث شایان توجهی ارائه کرده است و به پاره ای از شبهات نیز پرداخته اند. آیت الله جوادی آملی در برهان صدیقین دیدگاه صدرا را به طور کامل نمی پذیرد و دیدگاه علامه طباطبائی را می پسندد. در برهان امکان و وجوب بعد از پذیرش دیدگاه صدرا، یادآوری می¬کند که تحلیل فقری امکان صدرا، ریشه در سخنان گذشتگان دارد. ارزش برهان معجزه در دیدگاه ایشان به برهان امکان و وجوب است. به نظر ایشان برهان نظم در دیدگاه متکلمان غربی، بر خلاف فیلسوفان و متکلمان مسلمان یک برهان تام است. ایشان با چند تقریر به تبیین برهان پرداخته و ضعف آن را محدودیت کبرای قیاس دانسته و برای اثبات¬گری آن نیاز به تتمیم را مورد توجه قرار داده است. برهان حرکت و برهان حدوث دو برهانی هستند که در یک جا امّا به صورت مجزّا که البته غیر تام هستند، تقریر شده است. در برهان فطرت، مشکل اصلی برهان را صغرای آن می¬داند. در ادامه، تقریر و اشکالات برهان وجودی آنسلم و تجربه دینی و براهین اخلاقی مورد بررسی قرار گرفته است. در صفات خداوند سعی بر این شده که اکثریت صفات ذاتی و فعلی از جهت ایجابی و سلبی در مکاتب سه گانه و از دیدگاه آیت الله جوادی آملی مورد بررسی قرار گیرد. البته در افعال خداوند با توجه به سهم و فهم کتب، ایشان تقریر و تبیین کامل و متفاوتی ندارند.