افزایش روز افزون آلودگی فلزات سنگین در هوا، آب و خاک های کشاورزی خطرات بی شماری را برای موجودات زنده به همراه دارد که این تنش در گیاهان کاهش رشد و عملکرد را موجب می شود. فلز سرب مهم ترین فلز آلاینده در محیط زیست است که بر مورفولوژی و آناتومی گیاهان اثرات متعددی دارد. بابونه آلمانی با نام علمی matricaria chamomilla l. یکی از گونه های مهم گیاهان دارویی است که اسانس آن حاوی نزدیک به 120 ترکیب شیمیایی می باشد. مشخص شده است که تنش فلزات سنگین بر میزان برخی از متابولیت های ثانویه این گونه تأثیرگذار است. در تحقیق حاضر اثر فلز سرب بر مورفولوژی و آناتومی بابونه آلمانی در مرحله زایشی و هم چنین میزان ترکیبات اسانس در سه اندام گل، ریشه و برگ مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور گیاهان در مرحله رویشی به محیط هیدروپونیک منتقل شدند و تحت تأثیر غلظت های 0، 60، 120، 180 و 240 میکرومولار سرب قرار گرفتند. جمع آوری از نمونه های گیاهی در سه مرحله گلدهی انجام شد. نتایج حاصل از مطالعات دانه های گرده و کلاله با میکروسکوپ sem در مرحله پایانی گلدهی، کاهش قطر دانه گرده را در گیاهان تحت تیمار نشان داد. نتایج حاصل از مطالعات آناتومیک برش عرضی گل نشان داد که تنش سرب در مراحل مختلف تکوین اثرات متفاوتی بر آناتومی گل بابونه آلمانی دارد؛ در مرحله پایانی گلدهی با افزایش جذب سرب قطر کیسه گرده و دانه گرده کاهش یافت و در گلچه های زبانه ای و لوله-ای افزایش جذب سرب، افزایش در طول گلچه ها را موجب گردید. با توجه به نتایج حاصل با افزایش غلظت سرب تا 240 میکرومولار، کاهش در قطر تخمک، قطر کیسه گرده، دانه گرده و تعداد دانه گرده طبیعی در مرحله پایانی گلدهی مشاهده گردید. هم چنین مشاهده شد که در مرحله پایانی گلدهی، با افزایش غلظت سرب طول گلچه زبانه ای و لوله ای بیشتر است. نتایج حاصل از اندازه گیری مقدار اسانس و آپی ژنین تحت آلودگی سرب حاکی از کاهش ترکیبات اسانس( کامازولن، فارنزن و گوایازولن) و افزایش آپی ژنین در گیاهان تحت تیمار است.