ویروییدها کوچکترین عوامل بیماریزای گیاهی هستند که تا به حال شناسایی شده¬اند. هم¬اکنون پنج گونه ویرویید آلوده¬کننده مرکبات شناسایی و آرایه¬بندی شده¬اند ولی تعداد دیگری وجود دارند که هنوز گروه¬بندی نشده¬اند (flores et al., 2000; flores et al., 2004). در بین ویروییدهای مرکبات، ویروییدهای گروه?مرکبات که نماینده آن¬ها کوتولگی رازک ویرویید (hop stunt viroid, hsvd) می¬باشد، عامل مولد بیماری کاککسیا (cachexia) مرکبات گزارش شده است¬ (reanwarakorn & semancik, 1999). بیماری کاککسیا در سال 1950 توسط چایلدز نام¬گذاری شد (childs, 1950) و تا سال 1999 عامل بیماری به عنوان ویرویید کاککسیا معرفی شده بود ولی در همان سال ران¬واراکون و سمانچیک گزارش نمودند که عامل بیماری توسط ویرویید کوتولگی رازک ایجاد می¬شود. ویرویید کوتولگی رازک در بین تمامی ویروییدهای شناخته شده بیشترین دامنه میزبانی را دارد و علایم متفاوتی را در گیاهان مختلف ایجاد می¬کند. علایم بیماری کاککسیا در مرکبات شامل ترشح صمغ، زردی برگ¬ها، ساقه آبله¬ای، کوتولگی و ناسازگاری در محل پایه و پیوندک می¬باشد. بررسی واکنش ارقام پس از انتقال بیماری با پیوند به گیاهان محک نظیر نارنگی parson ,s special ، orlando tangelo از اولین روش¬هایی بودند که در تشخیص بیماری کاککسیا به¬کار رفته است -(roistacher, 1991). از آنجایی که این روش حداقل به 12 ماه زمان برای بروز علایم نیاز دارد محققین به دنبال یافتن روش¬های سریعتر تشخیص بوده¬اند. با ابداع روش واکنش زنجیره¬ای پلیمراز با نسخه¬برداری معکوس(rt-pcr)، تشخیص و ردیابی ویروییدها آسانتر گردیده به طوری¬که امروز این روش به صورت روزمره برای ردیابی ویروییدها به کار می¬رود ¬(hadidi et al., 2003). مرکبات از محصولات باغی مهم و استراتژیک در کشاورزی ایران به شمار می¬آید. در بین استان-های مرکبات¬خیز ایران، استان مازندران بیشترین سطح زیرکشت مرکبات (حدود 100هزار هکتار) و تولید و تنوع ارقام را به خود اختصاصی داده است. تنوع ارقام وارداتی از یکسو و تکثیر پیوندی نهال¬ها از سوی دیگر موجب بروز و انتشار بیماری¬های متعددی در این منطقه شده است. در ایران علایم بیماری کاککسیا اولین¬بار توسط حبشی و ابراهیمی در درختان مرکبات سواحل دریای خزر مشاهده شد (bove, 1995). از آنجایی که شروع گسترش ویروس تریستزا سبب روی¬آوردن باغداران به استفاده از پایه¬های مقاوم به تریستزا ولی حساس به ویروییدهای مرکبات، نظیر سیترنج و سیتروملو در مازندران گردیده است، شناسایی عامل بیماری کاککسیای مرکبات و تعیین پراکندگی بیماری در مرکبات استان مازندران اهمیت بیشتری یافته است. هدف از بررسی حاضر شناسایی مولکولی عامل بیماری کاککسیا و پراکنش بیماری و تعیین میزان و درصد آلودگی ارقام مختلف پرتقال به ویرویید در شهرستان¬های مختلف استان مازندران می¬باشد. در این پژوهش از باغات مرکبات شهرستان¬های مختلف استان نمونه¬ جمع¬آوری شده و از نظر وجود ویرویید کوتولگی رازک مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور استخراج آر،ان،ای (rna) از شاخه¬های جوان نمونه¬ها انجام شد و بعد آن آزمون واکنش زنجیرهای پلی¬مراز با نسخه¬برداری معکوس (rt-pcr) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی hsvd و روش الکتروفورز پی¬در¬پی ژل پلی-آکریل¬آمید تحت شرایط واسرشتی و رنگ¬آمیزی با نیترات نقره، وجود ویرویید کوتولگی رازک در نمونه¬های مذکور اثبات شد ترادف های تعیین شده با کمک نرم افزار blast با توالی ویروئید hsvd بانک ژن (ncbi) مقایسه و میزان همسانی (identity) تعیین گردید.