جهت افزایش میزان تولید اولیه در استخرها در سراسر جهان، از کود استفاده می شود. اندازه گیری تولید اولیه برای تعیین تأثیرات کود استفاده شده در استخر روی میزان تولید ماهی اهمیت دارد. این مطالعه در مزرعه آبزی پروری کپور ماهیان واقع در منطقه آلاگل، استان گلستان، از تابستان تا زمستان سال 1392 انجام شد. استخرها با کودهای آلی-شیمیایی (استخر یک)، کود شیمیایی فاقد ازت (استخر دو) و کود آلی (استخر سه) با نسبت اذت به فسفر مختلف کوددهی شد و اثرات آن ها در مدت 14 هفته بر خصوصیات فیزیکی و شیمیایی آب، کلروفیل¬آ، تولید اولیه، شاخص های رشد ماهیان، ترکیب جمعیتی، بیومس و اندازه gald برای فیتوپلانکتون ها و همچنین همبستگی میان شاخص ها با یکدیگر بررسی شد. پانزده جنس فیتوپلانکتونی از چهار رده cyanophyceae، bacillariophyceae، chlorophyceae و euglenophyceae شناسایی و در طول دوره پرورشی پایش شد. نتایج نشان داد تغییر نسبت مواد مغذی در کود، تأثیرات زیادی بر شاخص های کیفی آب گذاشت و همبستگی معنی¬داری میان خصوصیات فیزیکی و شیمیایی آب، تولید اولیه، شاخص¬های رشد ماهی، بیومس، اندازه و فراوانی فیتوپلانکتون ها وجود دارد (p<0/05) رابطه منفی و معنی داری بین سختی، هدایت الکتریکی و کل مواد جامد محلول با تولید اولیه و رشد ماهی وجود دارد (p<0/05) و نیترات با بیومس پلانکتونی رابطه مثبت (p<0/05) و با اندازه فیتوپلانکتون رابطه منفی(p>0/05) دارد. پاسخ جنس های مختلف در هر رده فیتوپلانکتونی نسبت به¬ تغییرات فیزیکی و شیمیایی متفاوت بود، اکسیژن، قلیائیت و فسفات با بیشتر جمعیت بیشتر فیتوپلانکتون¬ها رابطه معنی¬دار داشت(p<0/05). براساس آزمون pca، به¬ترتیب، غلظت کلروفیل آ، عمق سشی دیسک، اکسیژن محلول، قلیائیت، سختی، نیترات، هدایت الکتریکی، کل مواد جامد محلول، ph و آمونیاک تأثیرگذارترین شاخص های فیزیکی و شیمیایی در استخرها بودند. میان غلظت کلروفیل آ، عمق سشی دیسک و تولید اولیه رابطه معنی دار وجود دارد (p<0/01). لذا می توان با اندازه گیری عمق سشی دیسک، میزان کلروفیل آ (r2=0/89) و سپس میزان تولید اولیه (r2=0/74) را در استخر محاسبه نمود. کلمات کلیدی: کود، مواد مغذی، فیتوپلانکتون، تولید اولیه، شاخص های کیفیت آب، gald