هدف اصلی این پژوهش بررسی مقایسه ای وضعیت مقاله های علمی ایرانی نمایه شده در نمایه استنادی علوم ایران و پایگاه وب آوساینس با تأکید بر میزان خود استنادی آن ها در فاصله سالهای 2005-2009 است. این پژوهش از نظر هدف کاربردی و از نظر روش کتاب سنجی است. جامعه آماری این پ‍ژوهش شامل 1089 مقاله دارای استناد نمایه استنادی علوم ایران در فاصله زمانی سال های 1384 تا 1388، به همراه 27729 مقاله دارای استناد نمایه شده در پایگاه وب آوساینس در طول سال های 2005 تا 2009 است. از میان 1089 مقاله دارای استناد نمایه استنادی علوم ایران، نمونه ای به حجمی برابر با 284 مقاله و از 27729 مقاله دارای استناد نویسندگان ایرانی که در وب آوساینس در فاصله سال های 2005 تا 2009 نمایه شده اند، 379 مقاله با روش نمونه گیری تصادفی منظم انتخاب شدند. یافته های پژوهش نشان داد خوداستنادی نویسندگان ایرانی در وب آوساینس بیش تر از نمایه استنادی علوم ایران است. تفاوت معناداری بین میزان استناد به مقاله های ایرانی در هر دو پایگاه وجود داشت و میزان استناد به مقاله های ایرانی نمایه شده در وب آوساینس (29/5) تقریبا 5/4 برابر میزان استناد به مقاله های ایرانی نمایه استنادی علوم ایران (17/1) بود. هر چند در برخی پژوهش ها وجود رابطه میان میزان خوداستنادی و تعداد نویسندگان نتیجه مثبتی داشته است اما وجود رابطه بین میزان استناد و تعداد نویسنده در هر یک از دو پایگاه نمایه استنادی علوم ایران و وب آوساینس تأیید نشد. میانگین میزان همکاری نویسندگان مقاله های ایرانی وب آوساینس (57/3) بیش تر از میانگین میزان همکاری نویسندگان مقاله های نمایه استنادی علوم ایران (70/2) بود و تفاوت معنی داری بین این میانگین ها وجود داشت. براساس نتایج پژوهش حاضر پراستنادترین نویسنده در نمایه استنادی علوم ایران متعلق به حوزه علوم انسانی و اجتماعی است و پراستنادترین نویسنده وب آوساینس متعلق به حوزه فنی مهندسی می باشد. دانشگاه های تهران، علوم پزشکی تهران، تربیت مدرس به طور مشترک در هر دو پایگاه نمایه استنادی علوم ایران و وب آوساینس بیش ترین تولید مقاله را دارا هستند. همچنین این بررسی نشان داد نویسندگان ایرانی مقاله های خود را بیش تر در کشورهای امریکا، انگلستان، هلند، آلمان و سوئیس به چاپ می رسانند.