چکیده استان خراسان رضوی از مهم ترین مناطق هندوانه کاری ایران است. بیماری پژمردگی فوزاریومی هندوانه با عامل (fon) fusarium oxysporum f.sp. niveum یکی از بیماری های مخرب هندوانه است که هر ساله خسارت های زیادی به این محصول وارد می کند. این تحقیق با هدف، بررسی و ارزیابی بیماریزایی جدایه های بدست آمده، بررسی واکنش ارقام تجاری و بومی نسبت به عامل بیماری و همچنین تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت بیمارگر انجام شد. در سال های 91-90 از مناطق مختلف استان نمونه برداری صورت گرفت. از اندام های آلوده گیاه قارچ هایی جداسازی شد که پس از خالص سازی 26 جدایه به عنوان f. oxysporum شناسایی شدند. علاوه بر این 11 جدایه از کلکسیون بخش گیاه پزشکی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی دریافت شد. بررسی بیماری زایی جدایه های fon روی رقم حساس sugar baby و همچنین گیاهان گوجه فرنگی، کدو و چغندرقند نشان داد که همه جدایه ها روی هندوانه تخصص میزبانی دارند. بررسی واکنش ارقام نسبت به عامل بیماری نشان داد رقم sugar baby حساس ترین ژنوتیپ، ژاپنی و crimson sweet ژنوتیپ هایی با مقاومت کم و charlston gray و کلاله ژنوتیپ های نیمه مقاوم می باشند. بررسی تنوع ژنتیکی 22 جدایه از جمعیت مورد مطالعه با استفاده از نشانگرهای rapd و issr انجام شد. که نتایج تجزیه حاصل از هر دو روش تا حدود زیادی با هم منطبق بودند. نتایج نشان داد بین جدایه ها تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای وجود دارد. تجزیه دندروگرام ها جدایه ها را بدون توجه به منشا جغرافیایی در گروه های ژنوتیپی مختلفی قرار داد. هر دو نشانگر در سطح شباهت ژنتیکی 60% جدایه ها را به شش گروه ژنوتیپی تقسیم کردند.