نام پژوهشگر: زهره بصیری

داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی فیستین و کامپفرول با آلبومین سرم انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده شیمی 1392
  زهره بصیری   عبدالخالق بردبار

فلاوانوئیدها دسته‏ای از فنولیک‏های گیاهی ثانویه با خواص آنتی اکسیدانی هستند که دارای عملکردهای مفیدی مانند فعالیت‏های ضد التهابی، ضد سرطانی و ضد توموری می‏باشند. فیستین و کامپفرول دو ترکیب فلاوانوئیدی مفید هستند. به علت انحلال پذیری اندک این ترکیبات در آب برای حمل آن‏ها در محیط بدن نیاز به یک حامل زیست سازگار می‏باشد. آلبومین سرم انسانی فراوانترین پروتئین در پلاسمای خون انسان است که هورمون‏ها، اسیدهای چرب و دیگر ترکیبات را منتقل می‏کند. در این پژوهش توانایی آلبومین سرم انسانی برای حمل این لیگاندها با استفاده از روش‏های محاسباتی بررسی شده است. ph فاکتوری مهم در بررسی پایداری ساختار آلبومین سرم انسانی و کمپلکس‏های آن با دیگر ترکیبات است. در این مطالعه برهمکنش بین آلبومین سرم انسانی با فیستین و کامپفرول با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی و داکینگ مولکولی به منظور بررسی ماهیت برهمکنش‏های درگیر در اتصال این دو لیگاند به پروتئین بررسی شده‏اند. تغییرات ساختاری آلبومین سرم انسانی در phهای متفاوت و اثر اتصال فیستین و کامپفرول بر این تغییرات با روش‏های محاسباتی ذکر شده بررسی شد. مقدار متوسط شعاع چرخش پروتئین در phهای اسیدی و بازی نسبت به ph خنثی افزایش می‏یابد که نشان دهنده‏ی کاهش پایداری ساختار پروتئین است. افزایش این کمیت در phهای اسیدی نسبت به ph بازی بیشتر است. بر اساس نتایج به دست آمده از داکینگ مولکولی، جایگاه ib پروتئین آلبومین سرم انسانی جایگاهی مناسب برای اتصال فیستین و کامپفرول به این پروتئین می‏باشد. نتایج به دست آمده از شبیه سازی کمپلکس آلبومین سرم انسانی با این لیگاندها در phهای متفاوت نیز جایگاه ib این پروتئین را به عنوان محل اتصال لیگاند به پروتئین نشان می‏دهند. تطابق این نتایج نشان دهنده‏ تائید نتایج داکینگ مولکولی فیستین با آلبومین سرم انسانی توسط نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی کمپلکس فیستین-hsa و کامپفرول- hsa می‏باشد.

تغییرات الگوی متیلاسیون دو ژن sfn (14-3-3σ) و casp8 در بافت و سرم بیماران مبتلا به سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  زهره بصیری   شهلا محمد گنجی

سرطان پستان شایع ترین سرطان در میان زنان جهان و ایران است. تشخیص زود هنگام کلید درمان این بیماری است. حدود 95% از سرطان پستان غیر وراثتی است و تغییرات اپی ژنتیکی از جمله متیلاسیون نقش مهمی در شکل گیری این سرطان ایفا می کند. در این مطالعه متیلاسیون پروموتر دو ژن(sfn (14-3-3 ? و casp8 (آغازگر آپوپتوز) که تغییر الگوی متیلاسیون آنها در مراحل آغازین سرطان پستان گزارش شده است، در نمونه های بافت توموری، سالم و سرم بیماران مبتلا به سرطان پستان بررسی شدند. ابتدا استخراج dna از 21 بافت توموری، 19 بافت سالم و 5 نمونه سرم از زنان مبتلا به سرطان پستان از سـاکنین استـانهای شمالی ایران انجـام شـد، سپس dna های استخـراج شده با محـلول بی سولفیت تیمار شد، کیفیت و کمیت dna پس از استخراج و تیمار با بی سولفیت بررسی شد. جهت تعیین دمای بهینه پرایمرهای مخصوص حالت متیله و غیر متیله و نیز بررسی اختصاصیت آنها، mspcr با در نظر گرفتن دمای پیشنهادی شرکت سازنده با dna کنترل انجام شد. سپس واکنش mspcr برای هریک از dna های تیمار شد? نمونه ها با پرایمرهای اختصاصی هرژن و با استفاده از hotstartaq plus master mix kit انجام شد. آنالیز داده ها با تست فیشر نشان داد اختلاف معنی داری بین متیلاسیون بافت توموری و سالم در هیچ یک از ژنها وجود ندارد. این پدیده ممکن است به دلیل تکثیر همزمان dna متیله و غیر متیله با پرایمرهای اختصاصی حالت متیله و غیر متیله در برخی بافتهـای تومـوری و سالم باشد. چنیـن حـالتی خود می توانـد به چنــد دلیـل رخ دهد: 1- هتروزیگوت بودن آللهای ژنهای مد نظر نسبت به متیلاسیون، 2- مخلوط بودن بافتهای توموری و سالم، 3- تدریجی بودن فرآیند متیلاسیون طی آغاز و پیشرفت سرطان، 4- چند سلولی بودن منشأ بافت توموری. در این مطالعه تنها دو نمونه dna سرمی از کیفیت کافی جهت انجام mspcr برخوردار بودند و این تعداد برای آنالیز آماری کافی نیست. مشکلات تکنیکی و استفاده از روشهای غیر صحیح در تهیه و نگهداری سرمها در محل نمونه گیری و نیز ناپایداری dna سرمی موجب بروز مشکلاتی در استخراج dna از سرم بود.