به منظور ارزیابی پاسخ فیزیولوژیک سه رقم کلزا در مرحله گلدهی در شرایط کمبود آب، آزمایشی به¬صورت کرت¬های خرد شده در قالب طرح بلوک¬های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه پژوهشی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان یزد در سال زراعی 91-1390 اجرا گردید. در این بررسی تیمارهای آبیاری در کرت¬های اصلی و ارقام در کرت¬های فرعی قرار گرفتند. تیمار آبیاری در دو سطح، شامل آبیاری معمول براساس 80 میلی¬متر تبخیر از سطح تشتک تبخیر کلاس a (شاهد) و دیگری تنش خشکی به صورت قطع آبیاری در مرحله گلدهی اعمال شد. ارقام مورد بررسی در این آزمایش شامل سه رقم کلزای پاییزه به نام¬های lilian،cooper و savannah بودند. به منظور بررسی روند تغییرات در صفات فیزیولوژی و بیوشیمیایی، نمونه¬برداری در تیمار قطع آبیاری از گلدهی در سه مرحله (هفت، دوازده و بیست وشش روز پس از اعمال تنش) انجام شد. نتایج نشان داد که اثر آبیاری بر صفات تعداد خورجین در بوته، تعداد دانه در خورجین، عملکرد دانه، عملکرد روغن، rwc، پرولین، کاتالاز و پراکسیداز (به جز هفت روز پس از اعمال تنش) و اثر متقابل آبیاری و رقم نیز بر روی صفات تعداد دانه در خورجین، پرولین، کاتالاز و پراکسیداز در سطح آماری معنی دار بود. در این بررسی میزان پرولین و آنزیم های آنتی اکسیدانی با گذشت زمان پس از قطع آبیاری در هر سه رقم مورد بررسی روند افزایشی داشت ولی این افزایش در رقم lilian چشمگیرتر بود. نتایج مقایسه میانگین عملکرد دانه در بین ارقام مورد بررسی نشان داد که رقم lilian در شرایط شاهد با 2887 و پس از قطع آبیاری در مرحله گلدهی با 1411 کیلوگرم در هکتار بیشترین میزان عملکرد را دارا بود. به نظر می رسد رقم lilian به واسطه برخورداری از بیشترین مقدار فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانی و تجمع بالای اسمولیت ها (پرولین، ساکارز، فروکتوز) و رطوبت نسبی برگ بالا از لحاظ عملکرد دانه برتر بود. با توجه به نتایج حاصل از این پژوهش به نظر می¬رسد می¬توان از رقم savannah به عنوان رقمی یاد کرد که در مناطق دارای رطوبت کافی دارای عملکرد اقتصادی و مطلوب می¬باشد و شاید بتوان از رقم lilian به عنوان رقم مناسب برای تولید در مناطق دارای محدودیت رطوبتی استفاده کرد.