سوختگی باکتریایی از بیماریهای بسیار مهم و مخرب پنبه در سراسر جهان است. باکتری عامل بیماری xanthomonas citri.pv.malvacearum از طریق بذور آلوده منتقل میشود. در حال حاضر برای ردیابی این باکتری از روشهای سنتی همچون آزمونهای بیوشیمیایی وسرولوژیکی استفاده میشود که وقت گیر و غیر قابل اعتماد هستند. در این تحقیق برای اولین بار طراحی روشی مبتنی بر polymerase chain reaction (pcr) جهت ردیابی این باکتری مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور ابتدا قطعه 16s rrna از ژنوم x.citri pv.malvacearum تکثیر شده و تعیین توالی گردید. پس از مقایسه توالی قطعه با توالی های موجود در (ncbi) national center for biotechnology information، دو پرایمر forward و reverse طراحی گردید. برنامه pcr طراحی شد به طوریکه جفت پرایمر طراحی شده توانستند یک قطعه bp252 را از ژنوم جدایه های مختلف باکتری عامل بیماری اخذ شده از کلکسیون گروه گیاهپزشکی دانشگاه زنجان تکثیر نمایند و اما این قطعه از ژنوم باکتری های متعلق به گونه های دیگر تکثیر نشد. برای انجام آزمون حساسیت و اختصاصیت از مزارع پنبه گلستان خاک تهیه گردید و باکتری های اپی فیت پنبه نیز با پرایمرها چک گردید و پرایمرها تنها قطعه مورد نظر را در آنها تکثیر نکردند. در این تحقیق برای اولین بار طراحی پرایمر های اختصاصی جهت ردیابی باکتری xanthomonas citri pv.malvacearum انجام شد. گیاهان در برابر حمله میکروارگانیزمهای بیماریزا که حیات آنها را تهدید می کنند پاسخ های دفاعی مختلفی را نشان می دهند. یکی از این پاسخها مقاومت سیستمیک اکتسابی (sar) systemic acquired resistance است که می تواند بوسیله محصولات ژنهای غیر بیماریزای پاتوژنها و یا عوامل غیر زنده فیزیکی و شیمیایی که الیسیتور خوانده میشوند القاء شود. استفاده از مواد شیمیایی القاء کننده که از یک سو سبب فعال سازی مکانیزمهای دفاعی گیاه قبل از رویارویی با پاتوژن شوند و از سویی دیگر خطرات زیست محیطی نداشته باشند در سالهای اخیر مورد توجه محققین قرار گرفته است. هدف از این تحقیق بررسی میزان اسید سالیسیلیک موثر بر مقاومت پنبه در برابر بلایت باکتریایی پنبه منظور گردید. در این تحقیق امکان کاربرد خارجی سالیسیلیک اسید در فعال سازی مقاومت سیستمیک اکتسابی (sar) علیه باکتری بلایت پنبه مورد بررسی قرار گرفت. بذور پنبه پس از کشت با سالیسیلیک اسید 350ppm محلول پاشی شدند و پس از دو روز باکتری به برگها تزریق شد. در این آزمون 4 رقم پنبه مورد آزمون قرار گرفت. در این تحقیق اسید سالیسیلیک با غلظت 350ppm توانست لکه های ناشی از بیماری بلایت باکتریایی پنبه را در تمام ارقام کاهش دهد.