هدف این تحقیق بررسی نحوه انتخاب و مدیریت پورتفولیو پروژه در سازمان های پژوهشی پروژه محور و ارائه الگو هایی برای مدیریت پورتفولیو و انتخاب پورتفولیو پروژه و هم چنین ارائه مدلی در انتخاب پورتفولیو بهینه از بین پورتفولیوهای موجود در سازمان، می باشد. تحقیق از نظر هدف کاربردی و از نظر روش تحقیق توصیفی از شاخه پیمایشی و از نظر جمع آوری داده ها جزء تحقیقات میدانی می باشد. در راستای انتخاب پورتفولیو، در این تحقیق از مدل فرایند تحلیل شبکه ای (anp) در ارزیابی، انتخاب و اولویت بندی پروژه ها در پورتفولیو استفاده شده است. در این روش پروژه ها مطابق معیارها و زیرمعیارهای تدوین شده رتبه بندی یا وزن دهی می شوند. در مدل انتخاب پورتفولیو بهینه که به صورت برنامه ریزی ریاضی می باشد ارزش پروژه ها در پورتفولیو و میزان هم افزایی میان پروژه های پورتفولیو و محدودیت های موجود در اجرای پروژه ها در سازمان در نظر گرفته می شوند. توسعه این دو مدل با تمرکز بر سازمان های پژوهشی پروژه محور در پژوهشکده فناوری اطلاعات و ارتباطات دانشگاه صنعتی اصفهان با تمرکز بر چشم انداز و مأموریت و اهداف سازمان، تست و اعتبار سنجی شده است. در این تحقیق وزن دهی به معیارها و زیرمعیارها و رتبه بندی پروژه ها و تجزیه تحلیل آن ها در مدل فرایند تحلیل شبکه ای از نرم افزار super decision و به منظور حل مدل برنامه ریزی ریاضی در انتخاب پورتفولیو بهینه از نرم افزار مطلب و حل کننده الگوریتم ژنتیک استفاده شده است. امروزه سازمان های پروژه محور از جمله سازمان های تحقیق و توسعه ای (r&d)به لزوم ایجاد سیستم های متمرکز و یکپارچه ای که بتوان کلیه پروژه های پیشنهادی در دست اجرا شرکت را ارزیابی و اولویت بندی و انتخاب نمود، پی برده اند. در واقع این سازمان ها چشم انداز و اهداف بلند مدت سازمان خود را در قالب انتخاب درست پروژه ها و اجرای موثر آن ها دنبال می کنند. مدیریت پورتفولیو پروژه به عنوان الگویی نوین مدیریتی این رسالت را انجام داده و سازمان ها را در انتخاب پروژه ها و مدیریت جمعی و یکپارچه آن ها یاری می کند.