در این پژوهش ما یک مدل اتوماتای سلولی عبور لیگاند بر روی سطح آنزیم به سمت جایگاه فعال را بررسی کرده ایم. روش های توزیع متفاوتی از آمینو اسیدها بر روی سطح پروتئین بررسی شده اند، برای هر توزیع الگوی آبدارشدنی خاصی بدست آمده و میانگین گام های زمانی لازم برای رسیدن لیگاند به جایگاه فعال محاسبه شده است. مقایسه نتایج نشان می دهد سرعتی که در آن لیگاند به جایگاه فعال می رسد بطور روشن، وابسته به توزیع آمینو اسید های روی سطح آنزیم است. چنین فرآیندی می تواند نفوذ لیگاند به سمت جایگاه فعال را با بالا بردن بهره وری عمل آنزیم تسهیل کند.

با توجه به اهمیت خوردگی بین دانه¬ای در آلیاژهای آلومینیوم حاوی عنصر آلیاژی مس، از مدل¬سازی اتوماتای سلولی به منظور شبیه¬سازی میزان پیشرفت خوردگی در طول مرز دانه¬ها استفاده شده است. در این شبیه¬سازی دو مدل ارائه شده است: مدل بدون نفوذ و مدلی که در آن اثرات نفوذ وارد شده است. ملاحظه شد که میزان پیشرفت خوردگی بین دانه¬ای با زمان در این دو مدل متفاوت است و مدلی که در آن اثرات نفوذ وارد شده است به واقعیت نزدیک¬تر است. در ادامه، اثر شرایط محیط (غلظت محلول الکترولیت) و ساختار میکروسکوپی آلیاژ (ساختار مرز دانه، اندازه¬ی دانه و جهت نمونه) بررسی شد.

مسئله پیچش پروتئین یکی از موضوعات مهم در شاخه‏های مختلف ژنتیک و فیزیک است، که این اهمیت ناشی از ارتباط رفتار پروتئین با ساختار آن است. در این تحقیق، رفتار پیچیده پلیمرهای خطی با شاخه‏های با طول مختلف که در فواصل معینی روی زنجیره اصلی قرار گرفته‏اند با بهره از اتوماتای سلولی شبیه‏سازی شد. ابتدا شعاع چرخش بر حسب گام‏های زمانی و سپس میانگین شعاع چرخش در هر مورد به عنوان تابعی از طول پلیمر و زمان آسایش در هر یک از حالات محاسبه گردید. نتایج به دست آمده با نتایج حاصل از مدل‏ فلوری و مدل رُز مقایسه شد. در نهایت، مقایسه‏ای بین رفتار و پیچش پلیمرهای خطی شاخه دار و بدون شاخه نشان داد که در پلیمر شاخه دار به دلیل وجود ممانعت فضایی ناشی از شاخه‏ها، پلیمر به راحتی حالت‏های بدون شاخه پیچیده نمی‏شود و به همین دلیل میانگین شعاع چرخش در این حالت نسبت به زنجیره خطی بدون شاخه بیشتر است. هر چه بر تعداد مونومرهای موجود در شاخه‏ها افزوده، و شاخه‏ها طویل‏تر می‏شوند، این رفتار بیشتر مشهود است و انحراف از نتایج حاصل از مدل فلوری و رُز بیشتر می‏شود.

واکنش اکسیداسیون مونواکسیدکربن توسط اکسیژن بر روی سطح برخی از فلزات واسطه از جمله پلاتین، تحت شرایط مختلف، رفتارهای نوسانی را به نمایش می گذارد. به منظور مشاهده این رفتارها، با استفاده از مدل اتوماتای سلولی، این واکنش شبیه سازی شده است. با استفاده از معادله ی انتقال حرارت از سطح کاتالیست به محیط، و به کار بردن پارامترهای مناسب، حالت های مختلفی از رفتارهای این واکنش از جمله حالت های افت و خیز، نوسانی، و مسموم شدن شبکه توسط یک گونه مشاهده شده است.