انطباق چند توالی به طور گسترده ای در زمینه ی بیوانفورماتیک مورد استفاده واقع شده است که از پیش بینی ساختار، تجزیه و تحلیل بیولوژیکی و شبیه سازی فیلوژنتیکی می توان به عنوان برخی از کاربردهای آن نام برد. طیف وسیعی از روش ها به منظور حل مسئله ی انطباق چند توالی ارائه گردیده است با این حال برخی از آن ها به پیش نیازهایی جهت یافتن انطباق بهینه احتیاج دارند و یا ممکن است از معایبی همچون پیچیدگی محاسباتی بالا و زیاد بودن حافظه ی مورد نیاز رنج ببرند. این عوامل باعث شده است که این روش ها تنها در مورد تعداد محدودی از توالی ها اعمال گردند. در این پایان نامه ما از روش جستجوی ممنوعه با هدف حل مسئله ی انطباق چند توالی سود برده ایم. جستجوی ممنوعه یک روش بهینه سازی است که با استفاده از ویژگی های حافظه ی انطباقی به جستجو و یافتن راه حل مناسب می پردازد. ویژگی های حافظه ی انطباقی می تواند الگوریتم را از فضای بهینه ی محلی دور و فضای جواب را به شکل کارآمدی جستجو نماید. به منظور دست یابی به نتایج بهتر، روش های مختلف تولید همسایگی، عرضه ی لیست ممنوعه ای با ساختار جدید و استفاده از راهکار نوینی جهت انجام راهکار تنوع بخشی ارائه شده است. عملکرد روش پیشنهادی با استفاده از پایگاه داده ی balibase مورد بررسی قرار گرفته است. افزون براین نتایج به دست آمده از ترکیب الگوریتم پیشنهادی با روش clustalw (روشی تدریجی) نشان دهنده ی عملکرد بسیار مطلوبی در زمینه ی حل مسئله ی انطباق چند توالی بوده است.