استفاده از اطلاعات مولکولی باعث بهبود سرعت پیشرفت ژنتیکی به¬ویژه در حیوانات با فاصله نسل طولانی مانند گاو شده است. روش ژن کاندیدا برای استفاده در جمعیت¬های طبیعی بسیار مناسب است. ژن¬های کاندیدا ژن¬هایی هستند که اثر محصولات این ژن¬ها بر صفات تولیدی از لحاظ فیزیولوژیکی و بیوشمیایی به اثبات رسیده است. در این پژوهش به منظور ارزیابی ارتباط چند شکلی جایگاه ژن کاپاکازئین با صفات تولید شیر در گاوهای بومی گیلان از 100 رأس گاو ماده بومی مربوط به گله¬های اقماری استان گیلان استفاده شده از هر گاو به¬صورت تصادفی حدود 4 نا 6 میلی¬لیتر خون از ورید وداج گردن به¬وسیله لوله خلا (ونوجکت) گرفته شد. نمونه¬ها در لوله¬های حاوی ماده edta تا زمان استخراج dna در دمای 20- سانتی¬گراد ذخیره گردید. dna به روش شستشوی نمکی بهینه شده استخراج گردید. روش pcr-rflp برای تکثیر و هضم قطعه 350 جفت باز جایگاه اگزون 4 ژن کاپاکازئین به¬کار گرفته شد. هضم محصولات حاصل از pcr در کاپاکازئین با آنزیمi hinf صورت گرفت. به طور کلی فراوانی ژنوتیپی مشاهده شده aa و ab به¬ترتیب 48/0 و 52/0 بود و فراوانی آلل a و b به¬ترتیب 74/0 و 26/0 محاسبه گردید. براساس نتایج آزمون مربع کای، جمعیت مورد بررسی در تعادل هاردی-واینبرگ قرار نداشت. ارتباط ژنوتیپ¬ها با صفات تولیدی شیر بر اساس یک مدل خطی و با استفاده از نرم افزار sas بررسی شد. مقایسه میانگین حداقل مربعات در این جایگاه نشان داد که اثر چند شکلی csn-hinf i بر صفات تولید شیر، درصد چربی و پروتئین شیر معنی¬دار است (01/0p<). بر این اساس، گاوهایی با ژنوتیپ aa نسبت به گاوهایی با ژنوتیپ ab به میزان 81/0 کیلوگرم در روز تولید شیر بیشتری داشتند و ژنوتیپ ab نسبت به ژنوتیپ aa به میزان 1/0 و 14/0 درصد به¬ترتیب درصد چربی و پروتئین شیر بیشتری داشت (01/0p<). با توجه به اینکه مطالعات انجام شده در نژادهای مختلف بیانگر ارتباط چند شکلی جایگاه ژن کاپاکازئین با برخی صفات اقتصادی گاوهای شیری است، بررسی این ارتباط در گاوهای بومی استان گیلان می¬تواند زمینه¬ساز استفاده از این نشانگر ژنتیکی در به¬نژادی دام¬های بومی محسوب شود.