گیاه کنجد یکی از قدیمی ترین و ارزشمندترین گیاهان دانه روغنی در دنیا می باشد که از اهمیت زراعی و صنعتی بالایی برخوردار است. عوامل قارچی بسیاری باعث خسارت و کاهش میزان عملکرد این گیاه می شوند که در این میان بیماری های پوسیدگی طوقه و پژمردگی به دلیل درصد بالای آلودگی و خسارت از اهمیت فراوانی برخوردارند. روش های مختلفی برای کاهش خسارت این گروه از بیماری ها مورد استفاده قرار گرفته است که رایج ترین آنها استفاده از سموم شیمیایی می باشد، که البته مضرات آن برای انسان و محیط زیست پیرامونش آشکار شده و به همین دلیل امروزه یافتن روش های جایگزین مانند استفاده از عوامل کنترل بیولوژیک مورد توجه قرار گرفته است. این تحقیق به منظور شناسایی عوامل پوسیدگی طوقه و پژمردگی کنجد در استان خراسان جنوبی و بررسی اثر قارچ میکوریزglomus intraradices در کنترل عوامل غالب، در سال زراعی 91-1390 صورت گرفت. نمونه های مشکوک به آلودگی به آزمایشگاه منتقل و بافتهای آلوده روی محیط کشت های قارچیکشت داده و در دمای 25 درجه ی سانتی گراد نگه داری شدند. پرگنه های قارچ با استفاده از روش های نوک ریسه و تک اسپور خالص سازی و با توجه به مشخصات کلنی و اندام های میکروسکوپی از طریق کلیدهای شناسایی معتبر تا سطح جنس شناسایی شدند. سپس آزمون بیماریزایی با استفاده از جدایه های منتخب انجام گرفت. در این تحقیق 2 گونه یmacrophomina phaseolina و fusarium proliferatum به عنوان عوامل پوسیدگی طوقه و پژمردگی کنجد در خراسان جنوبی شناسایی شدند که گونه یf. proliferatum به عنوان عامل پژمردگی فوزاریومی کنجد برای اولین بار از ایران جداسازی گردید. دو گونه ی f.pseudoanthophilumو f. cf.acutatumبه عنوان آرایه های جدید برای میکوفلور کنجد معرفی و گونه ی f. cf.acutatumبرای اولین بار از ایران گزارش می شوند. در مرحله ی دوم اثر قارچ میکوریزg. intraradices بر کنترل این دو عامل و همچنین برخی از فاکتورهای رشدی گیاهچه ی کنجد بررسی و اندازه گیری شد. برای این منظور آزمایش گلخانه ای در قالب طرح کاملاً تصادفی با 5 تکرار طراحی و اجرا گردید. تجزیه واریانس داده های بدست آمده با استفاده از نرم افزار sasانجام شد و مقایسه میانگین صفات با استفاده از آزمون دانکن در سطح احتمال 5 درصد صورت گرفت. نتایج آزمایش های گلخانه ای نشان داد که خاک تیمار شده با قارچ میکوریز توانسته در مقایسه با تیمار بیمارگر تعداد گیاهان آلوده را کاهش دهد و همچنین باعث افزایش برخی از فاکتورهای رشدی،نظیر وزن تر و ارتفاع ، در گیاهچه های کنجد شود. درصد گیاهان بیمار در شاهد آلوده به قارچ های m. phaseolina و f. proliferatum به ترتیب حدود 47 و 56 درصد کاهش یافت.