صدرالمتألهین با مساوق دانستن علم و وجود، تعقل را در اثر تجرد نفس تا حد ایصال به تجرد تام و ادراک معقولات در عالم عقلی ممکن می داند. از این رو ضمن نظریه ی اتحاد عاقل و معقول مراتب مختلفی از تعقل را مطرح می کند که در مرتبه ی عالی آن که اتحاد با عقل فعال است، تعقل به معنای واقعی آن صورت می گیرد و این نیازمند سعه ی وجودی نفس است. علامه طباطبایی قائل است چنین نگرشی به تعقل، همان گونه که ملاصدرا خود به آن معترف است، مستلزم اعتقاد به عدم توانمندی افراد عادی در ادراک معقولات است و در این صورت تنها خواص قادر به تعقل به معنای واقعی آن دانسته می شوند. این چنین فلسفه و منطق که با معقولات و کلیات سروکار دارد، تعطیل گشته و به علمی غیر عقلی بدل می گردد. در مقابل علامه طباطبایی قائل به امکان تعقل برای همه ی افراد است؛ به این صورت که نفس پس از اتصال حس و محسوس، قادر به ادراک صورت مثالی و سپس ارتباط با عقل فعال و اخذ صورت عقلی شیء می گردد. از آن گذشته معقولاتی دیگر نیز وجود دارند که پس از ادراک صور معقولات یا به اصطلاح علامه مفاهیم حقیقی و از کند و کاو ذهنی آن ها ایجاد می شوند. این معقولات که علامه آن ها را مفاهیم اعتباری می نامد، نقش مهمی در تفکر داشته و به همین دلیل علامه تمرکز ویژه ای بر نحوه ی شکل گیری آن ها دارد. در واقع علامه با پذیرش اصول یژه ی خود، با نگاهی نقادانه به مبانی ملاصدرا و ارائه ی تفاسیری جدید از این اصول، سعی در حفظ میراث متعالیه در عین اصلاح مشکلات آن دارد. اما طبیعتاً نظریات علامه نیز خالی از مشکل و سهو نبوده و او نیز در برخی موارد دچار مشکلاتی می گردد.