در این تحقیق با توجه به الزام بودجه ریزی عملیاتی ، لزوم محاسبه ی قیمت تمام شده ی خدمات و نقایص سیستم های سنتی هزینه یابی، استقرار سیستم هزینه یابی بر مبنای فعالیت جهت محاسبه ی قیمت تمام شده ی خدمات درسازمانهای امور اقتصادی و دارائی پیشنهاد گردیده است. خدمات این سازمانها براساس قوانین (محاسبات عمومی ،سهام عدالت،هدفمندی یارانه ها و اصل 44قانون اساسی) شکل قانونی به خود گرفته است،پس از جمع آوری اطلاعات پایه،مراکز عملیاتی و غیر عملیاتی سازمان شناسائی شده است. ابتدا محاسبه قیمت تمام شده ی مراکز،سپس هزینه ی مراکز غیر عملیاتی به مراکز عملیاتی سرشکن شده و در نهایت، قیمت تمام شده ی خدمات محاسبه گردیده است.اجرای کلیه این مراحل در 9گام صورت پذیرفته است؛ تحقیق حاضر از نوع تحقیقات کاربردی و به روش بررسی موردی می باشد. تاکنون در این زمینه فقط یک تحقیق توسط سازمان امور اقتصادی و دارائی استان مازندران انجام گرفته است که درآ ن برای محاسبه بهای خدمات از روش تخصیص مرحله ای استفاده نموده اند . این تحقیق درراستای تحقیق قبلی ولی با استفاده از سیستم هزینه یابی بر مبنای فعالیت می باشد. نتایج این مطالعه نشان دادکه درسیستم هزینه یابی سنتی الف) فعالیتهای سازمان به درستی شناسائی نگردیده اند،ب) بسیاری از فعالیتهای فاقد ارزش افزوده در محاسبه قیمت تمام شده خدمات محسوب می گردند. اما در مدل پیشنهادی الف)شناسائی و طبقه بندی فعالیتها طبق نیاز تصمیم گیرندگان انجام گرفته است ، ب)با قیمت گذاری منطقی،امکان مقایسه قیمت تمام شده خدمات در سطح کشور ایجاد می شود. ج)امکان بهبود قیمت تمام شده خدمات با حذف هزینه های غیر ضروری و فاقد ارزش افزوده ایجاد می گردد. علاوه بر موارد فوق در بودجه قعلی سازمان تعداد فعالیتها 7فعایت می باشد که در مدل پیشنهادی با توجه به نظر سنجی که از واحدهای عملیاتی سازمان به عمل آمد تعداد این فعالیتها به 47 فعالیت افزایش یافت.بنابراین نظر به اهداف و تکالیف دولت در اصلاح نظام بودجه ریزی کشور به ویژه مبحث اصلاح روش های مدیریت بودجه که موضوع محاسبه قیمت تمام شده فعالیتها، شفافیت عملکرد و حسابدهی مدیران را پیگیری می کند لازم است نظام بودجه بندی و هزینه یابی دستگاه های اجرایی اصلاح و ارتباط معنادار و تأثیرگذاری بین فعالیت ها و بودجه به وجود آید که پیشنهاد می گردد تا سیستم هزینه یابی برمبنای فعالیت در دستگاه های اجرائی بخش دولتی، استقرار یابد.زیرا این سیستم با پیگیری فرآیند محاسبه هزینه فعالیت ها و سپس اختصاص منابع به دستگاه ها بر حسب فعالیت در مرحله تخصیص اعتبار منجر به برداشتن گام های جدی و اساسی در تحقق بودجه ریزی عملیاتی در نظام بودجه ریزی کشور می گردد و در نهایت با محاسبه قیمت تمام شده خدمات زمینه پاسخگوئی عملیاتی دولت را فراهم می نماید.