بیماری لکه سفید یکی از چهار پاتوژن خطرناک خانواده پنائیده می¬باشد، که سالانه خسارات اقتصادی زیادی به صنعت میگوپروری در سطح دنیا و ایران وارد می¬سازد. هدف از مطالعه حاضر ردیابی ویروس در منابع آلوده به ویروس بیماری لکه سفید و تعیین ژنوتیپ آن¬ها بر اساس موقعیت جغرافیایی در استان¬های بوشهر و خوزستان بود. جامعه هدف در این تحقیق مراکز تکثیر و پرورش استان بوشهر و خوزستان در بازه زمانی 1391 تا 1392 بود. به¬همین منظور با انجام آزمایش غربال¬گری به روش nestedpcr توسط کیت تشخیصی iq2000 از کلیه مراکز تکثیر و پرورش در استان بوشهر و خوزستان و کلیه منابع احتمالی مانند مولد، پست لارو، غذای زنده، میگوی منابع وحشی، میگوی پرورشی وخرچنگ¬های منابع وحشی نمونه¬برداری صورت گرفت. نتیجه غربال¬گری، ردیابی11 جدایه ویروس بود. به¬منظور ژنوتیپ ویروس¬های ردیابی شده سه ناحیه مختلف orf75، orf94 وorf125 از جدایه¬های ویروس توسط پرایمرهای اختصاصی، تکثیر و سکانس گردید. کلیه توالی-های سکانس شده به تعداد 30 ژن در بانک ژنی (ncbi) ثبت گردید. توالی¬های سکانس شده در هر یک از orf75،orf94 و orf125 از نظر توالی¬های تکرار¬پذیر مورد ارزیابی قرار گرفت. در orf94 توالی¬های تکرار¬پذیرbp54، در orf125 توالی¬های تکرار¬پذیر bp69 و در orf75 توالی¬های تکرارپذیر bp102 و bp45 بررسی شد. تعداد توالی¬های تکرار¬پذیر یافت شده bp 102 و bp45 در orf75 در کلیه جدایه¬های ویروس به ترتیب 4-1 تکرار و 12-2 تکرار مشاهده گردید. در orf94، 12-3 تکرار از توالی bp54 مشاهده و در orf125 توالی تکرار¬پذیر bp69، 5-3 تکرار مشاهده گردید. هم¬چنین orf94 از نظر snp مورد ارزیابی قرار گرفت که در موقعیت 48 بازی در جدایه¬های ویروس، نوکلئوتیدهای گوانین و تیمین مشاهده گردید. علاوه بر آن دو نمونه جداگانه از سایت گواتر چابهار مربوط به سال¬های 1391 و 1392 بررسی گردید. نمونه¬های مثبت مربوط به پست لارو، غذای لاروی و میگوی پرورشی بود. نتایج به¬دست آمده بر اساس تاریخچه وقوع بیماری و ژنوتیپ ویروس تفسیر گردید و مشخص شد که ویروس¬های ردیابی شده در استان¬های بوشهر، خوزستان و سیستان و بلوچستان در سال¬های 1391 و 1392 با هم متفاوتند. در استان خوزستان در سال 1391 منشاء آلودگی از پست لارو و در استان بوشهر منشاء آلودگی غذای پست لاروی بوده است. منشاء آلودگی در استان سیستان و بلوچستان مشخص نشد. اقدامات و تمهیدات سریع صورت گرفته از سوی سازمان دامپزشکی در دو استان بوشهر و خوزستان موجب گردید که بیماری در هر دو استان منتشر نشده و دوره پرورشی در هر دو استان با موفقیت به پایان برسد.