پس از فروپاشی اتحاد شوروی و تغییر در ژئوپلتیک مناطق شمالی، جمهوری آذربایجان اهمیت فزاینده ای در سیاست خارجی ایران پیدا کرده است.در روابط ایران و آذربایجان عوامل متعددی وجود دارد که جهت گیری دو کشور نسبت بهم را شکل می دهد.یکی از این عوامل، که نقش بارز منفی در روابط دو کشور ایران و آذربایجان بازی می کند، اسرائیل است که مورد پژوهش این نوشتار با عنوان نقش اسرائیل در روابط ایران و جمهوری آذربایجان قرار گرفته است. این نوشتار با روش توصیفی- تحلیلی به بررسی روابط این کشورها در ابعاد مختلف پرداخته و به این نتیجه می رسد که اسرائیل با خطر جلوه دادن اقدامات ایران در خصوص آذربایجان بر روی مقامات و دولتمردان کشور آذربایجان مانند خطر بنیاد گرایی اسلامی، که مقامات اسرائیلی این ذهنیت را تقویت می نمایند که مقامات ایران بنیادگرایی اسلامی را دراین کشور تقویت و با ارتباط با احزاب اسلامی در این کشور به دنبال تضعیف دولت آذربایجان و ایجاد درگیری و صدور انقلاب به این کشور است و همچنین اسرائیل با دامن زدن به اندیشه پان ترکیسم و هویت قومی، تقویت مبانی سکولاریستی دولت آذربایجان و غیر دینی کردن سرشت بیش از پیش سرشت غیر دینی رژیم جمهوری آذربایجان، همسوکردن آذربایجان با ماهیت اجتماعی نظام بین الملل باعث شده است که روابط ایران و آذربایجان طی چند سال اخیر رو به تیرگی رود که این عوامل باعث کاهش روابط سیاسی، اقتصادی و فرهنگی بین دو کشور دوست و همسایه گردد. در ادامه این نوشتار راهکارهایی را برای خروج از این مناقشه ارائه داده شده است.