سیر(allium sativum) یکی از اعضای خانواده alliaceae است. این گیاه به خاطر خواص دارویی و غذایی آن از دیرباز مورد توجه بشر قرار گرفته است. ترکیب گوگردی سیرکه به آن آلیسین گفته می شود مسئول فعالیت ضد قارچی، ضد باکتریایی، ضد سرطان این گیاه است و همچنینن برای جلوگیری از فشار خون مفید است. از دلایل عمده کاهش عملکرد این محصول می توان به بیماری های ناشی از قارچ¬ها، ویروس¬ها، نماتد¬ها و باکتری¬ها اشاره کرد. در میان باکتری¬های پاتوژن سیر، گونه¬های جنس پکتوباکتریوم¬ باعث ایجاد پوسیدگی نرم در مزرعه و انبار می شوند. بازدیدهایی که در سال 1391 از مزارع سیر انجام شد نشان داد که بیماری پوسیدگی نرم به مزارع سیر استان همدان خسارت زیادی وارد می¬آورد. به منظور بررسی عامل (های) بیماری و ویژگی¬های آن، نمونه¬های گیاهی جمع آوری و باکتری¬های مرتبط با بافت¬های بیمار استخراج گردید. از میان 100 استرین از باکتری¬های جداشده، 20 نماینده جهت بررسی ویژگی¬های فنوتیپی به روش¬های استاندارد باکتری¬شناسی انتخاب شد. نتایج نشان داد که بیشتر استرین¬های جدا شده وابسته به جنس پکتوباکتریوم ¬¬و تعدادی نیز وابسته به جنس¬ سودوموناس و معدودی زانتوموناس هستند. بررسی مولکولی نماینده¬های استرین¬های جدا شده با آغازگرهای pccssf/pccssr در واکنش زنجیره¬ای پلیمراز و سکونس محصول تکثیر شده و بلاست آن با بانک اطلاعاتی ncbi انجام شد. نتایج نشان داد که pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum مشابه ترین باکتری با استرین جدا شده بود و با آن شباهت 99 درصدی داشت. برای بررسی تنوع ژنتیکی در این باکتری¬ها از آغازگرهای eric1r/eric2 و boxa1r استفاده شد. نتایج حاصل از این آغازگرها نشان داد این باکتری¬ها از لحاظ ژنتیکی یکسان نبوده و دارای تنوع ژنتیکی هستند. به منظور اندازه گیری شدت بیماری¬زایی و اثر پکتوباکتریوم، سودوموناس و زانتوموناس روی وزن تر و وزن خشک گیاه سیر و همچنین برهمکنش بین پکتوباکتریوم با باکتری های سودوموناس و زانتوموناس از طرح بلوک¬های کامل تصادفی به روش آغشته سازی خاک با سوسپانسیون باکتری و غوطه ور کردن سیرچه¬ها در سوسپانسیون باکتری استفاده شد. نتایج نشان داد که در بخش تاثیر سوسپانسیون باکتری¬های ذکرشده، استرینjs1 دارای بیشترین شدت بیماری زایی بوده و استرین js18 بیشترین تاثیر را در کاهش وزن تر و وزن خشک گیاهان سیر در شرایط گلخانه¬ای داشته است. این نتایج در بخش برهمکنش بین باکتری¬های پکتوباکتریوم، سودوموناس و زانتوموناس نشان داد که بیشترین شدت بیماری¬زایی، کمترین وزن تر و وزن خشک مربوط به برهمکنش بین دو استرین مختلف پکتوباکتریوم بوده است. باکتری¬های جدا شده اثر هم¬افزایی روی شدت بیماری نشان ندادند.