در این مطالعه هدف ما بررسی اثر داروهای ضد سرطانی آلکیله کننده بر dna به منظور انتخاب ترکیب مناسب برای طراحی منطقی تر داروها است. به این منظور سه ساختار dna مورد نظر از پروتئین دیتا بانک انتخاب شد. سه ساختار dna به مدت 10 نانو ثانیه در دمای 310 کلوین شبیه سازی شدند و نمودار rmsd وتابع گردش مورد آنالیز قرار گرفت، همچنین ساختار هر یک از داروهای مورد نظر توسط نرم افزار هایپرکم رسم شد و توسط نرم افزار گوسین 0.3 بهینه سازی انرژی آن انجام شد. به منظور بررسی اثر داروهای مورد نظر بر dna از شبیه سازی اتصال مولکولی به کمک نرم افزار اتوداک وینا استفاده شد. خروجی این کار، انرژی اتصال g)?( ترکیب به dna در مای 310 کلوین بر حسب کیلوکالری بر مول بود. لیگاند ها در یکی از این ساختار ها به نحو مطلوب تری به dna متصل می شود. از این رو در نظر گرفتن کنفورماسیون های مختلف dna در محاسبه تمایل اتصال برای دقت بیشتر لازم است. همچنین جایگاه اتصال ترکیب بر dna مشخص گردید. از بین داروهای طراحی شده تعدادی از آن ها به عنوان داروهای منتخب برگزیده شدند.