چکیده در این پژوهش، وضعیت پراکنش ویروس‏های پیچیدگی برگ زرد گوجه‏فرنگی(tomato yellow leaf curl virus-tylcv)، موزاییک گوجه‏فرنگی(tomato mosai virus-tomv) و موزاییک خیار(cucumber mosaic virus-cmv)، در مزارع گوجه‏فرنگی چهار شهرستان استان ایلام با استفاده از آزمون سرولوژیکی الایزا تعیین گردید. در سال 1392، از مزارع مختلف این شهرستان‏ها، بازدید و در مجموع 31 نمونه علائم‏دار و 148 نمونه تصادفی جمع‏آوری گردید. بر اساس نتایج آزمون سرولوژیکی الایزا، میزان آلودگی به tylcv در نمونه‏های علائم‏دار، %13/16 تعیین گردید که بیشترین و کمترین میزان آن به ترتیب در شهرستان‏های ایلام با %57/28 و شهرستان شیروان‏چرداول با %69/7 مشاهده شد. میزان آلودگی به tomv در نمونه‏های علائم‏دار، %13/16 تعیین گردید که بیشترین و کمترین میزان آن به ترتیب در شهرستان‏های دره‏شهر با %57/28 و ایلام با صفر درصد مشاهده شد. میزان آلودگی به cmv در نمونه‏های علائم‏دار، %9/12 بو که بیشترین و کمترین میزان آن به ترتیب در شهرستان‏های شیروان‏چرداول با %38/15 و ایوان با صفر درصد مشاهده شد. همچنین بر اساس نتایج آزمون سرولوژیکی الایزا، میزان آلودگی به tylcv در نمونه‏های تصادفی، %16/12 تعیین گردید که بیشترین(% 33/23) و کمترین(%57/8)میزان آن به ترتیب در شهرستان‏های ایوان و ایلام مشاهده شد. میزان آلودگی به tomv در نمونه‏های تصادفی، %81/10 تعیین گردید که بیشترین میزان آن در شهرستان ایلام(%28/14) و کمترین آن در شهرستان ایوان(%66/6) مشاهده شد. میزان آلودگی به cmv در نمونه‏های تصادفی، %16/12 تعیین گردید که بیشترینو کمترین میزان آن به ترتیب در شهرستان‏های شیروان‏چرداول( %51/15) و دره‏شهر( %8) مشاهده شد. جهت تایید نتایج حاصل از آزمون سرولوژیکی، از روش‏های بیولوژیکی و مولکولی استفاده شد. همچنین در این پژوهش، توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی(cp) دو جدایۀ tomv(sh2s2 و d2s2) و سه جدایۀ cmv (d2s1، i3s1 و sh4s2) تعیین و از نظر تبارزایی مورد مطالعه و آنالیز قرار گرفتند. توالی cp دو جدایۀ tomv به دست آمده با توالی مربوطه در 39 دیگر جدایۀ tomv ثبت شده در بانک ژن و نیز توالی cp سه جدایۀ cmv به دست آمده در این تحقیق با توالی مربوطه در 46 دیگر جدایۀ cmv ثبت شده در بانک ژن، با استفاده از برنامة clustal x مورد مقایسه و تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. درخت تبارزایی مربوط به جدایه‏های مورد بررسی در هر یک از دو ویروس tomv و cmv با استفاده از روش neighbor-joining و 1000 مرتبه تکرارهای تایید کننده(bootstrap) رسم گردید. دو جدایۀ tomv، در تبار شماره iii درخت تبارزایی مربوط به جدایه‏های tomv و سه جدایۀcmv ، در زیرگروه ia درخت تبارزایی مربوط به جدایه‏های cmv قرار گرفتند. نتایج حاصل از رسم درخت تبارزایی به روش nj، نتایج بدست آمده از آزمون‏های سرولوژیک را مورد تایید قرار داده و نشان داد که ماهیت جدایه‏های ویروسی مورد بررسی با ویروس موزاییک گوجه‏فرنگی و موزاییک خیار مطابقت دارد. کلمات کلیدی: ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه‏فرنگی، ویروس موزاییک گوجه‏فرنگی، ویروس موزاییک خیار، تبارزایی، دامنه میزبانی، ایلام